circRNA很紅，這個(gè)大家都知道。尤其是它身上那份高大上的神秘感，引得一眾科學(xué)家瞬間產(chǎn)生撲倒circRNA的好奇感，并期望能看到該領(lǐng)域中更多不一樣的風(fēng)景。但眼下circRNA研究的一個(gè)巨大挑戰(zhàn)就是，有關(guān)circRNA的可參考信息不多，怎么往下研究也沒有目標(biāo)。為了讓大家早日玩轉(zhuǎn)circRNA，小編推薦給大家23個(gè)circRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，祝大家早日成功！種屬信息：收集多個(gè)物種的circRNA信息包括人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚。功能：收錄了人類,小鼠等多個(gè)物種的環(huán)狀RNA信息，采用了find_circ軟件來預(yù)測(cè)去核糖體文庫(kù)中的環(huán)狀RNA。1、基于序列的搜索；2、通過標(biāo)識(shí)符、基因描述、基因組位置等搜索數(shù)據(jù)庫(kù)；3、使用table browser通過設(shè)定一組條件來檢索一組數(shù)據(jù)集（用法類似UCSC）；4、以多種形式導(dǎo)出表格；5、導(dǎo)出含基因組序列的FASTA文件http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/功能：根據(jù)464個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)分析鑒定而成的數(shù)據(jù)庫(kù)，主要包括：新circRNAs的鑒定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作網(wǎng)絡(luò)；circRNA 亞型的表達(dá)水平circRNA亞型的基因組注釋；circRNA亞型的序列https://circinteractome.nia.nih.gov/種屬：種屬可謂是很齊全啊，人的，果蠅的等等，以人的種屬為主。功能：這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)比較好的一點(diǎn)是集大成之預(yù)測(cè)了已知的RNA結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)集還有風(fēng)風(fēng)提到的circbase中的circRNA的結(jié)合位點(diǎn)。同時(shí)兼容并蓄地利用可以預(yù)測(cè)了miRNAs與circRNA的潛在結(jié)合位點(diǎn)，這就是和我們36策學(xué)習(xí)得能夠?qū)?yīng)上了，方便新手入門。在功能方面，除了前面提到的miRNA，還可以預(yù)測(cè)下游的蛋白結(jié)合的可能情況，可進(jìn)行circRNA分子檢索、PCR引物設(shè)計(jì)、RNA干擾序列設(shè)計(jì)等操作，對(duì)于新手非常友好http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/種屬：共有6個(gè)種屬，包括人、大小鼠、果蠅、斑馬魚，收集了180多個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識(shí)別到了262782個(gè)環(huán)狀RNA功能：可以通過物種，細(xì)胞系，基因名稱或者基因組位置，circpedia中的環(huán)狀RNA ID進(jìn)行檢索，數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)給出環(huán)狀RNA ID來源基因，對(duì)應(yīng)的線性轉(zhuǎn)錄本，表達(dá)量，外顯子的起始和終止位置，細(xì)胞系，保守性等信息。并可以用熱圖或者散點(diǎn)圖的形式展現(xiàn)環(huán)狀RNA在不同組織或者細(xì)胞系中的表達(dá)量。http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php功能：首個(gè)匯總編碼蛋白人類環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫(kù)。以hsa_circ_07894為例，介紹了具體的單個(gè)環(huán)狀RNA記錄中詳細(xì)的信息。每個(gè)記錄包括了基本信息和具體信息兩部分，基本信息一欄包含了所對(duì)應(yīng)基因的ID號(hào)，基因組序列，鏈特征，基因名稱，組織和細(xì)胞來源信息等。具體信息一欄包含了該環(huán)狀RNA的外顯子序列和信息，RNA剪接序列長(zhǎng)度，環(huán)狀RNA的序列信息，IRES和ORF對(duì)應(yīng)信息，預(yù)測(cè)多肽的基本特征，對(duì)應(yīng)的疾病信息及參考文獻(xiàn)http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/功能：這是中山大學(xué)推出的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)從新一代測(cè)序技術(shù)數(shù)據(jù)中注釋和鑒定circRNA/miRNA/piRNA等及他們的表達(dá)模式，該數(shù)據(jù)庫(kù)可以查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表達(dá)、物種保守性、功能、注釋，還可以下載數(shù)據(jù)，包含在不同物種不同組織中的表達(dá)情況，還強(qiáng)調(diào)ceRNA分子網(wǎng)絡(luò)互作http://www.circbank.cn/help.html功能：circBank對(duì)circBase數(shù)據(jù)庫(kù)中人類的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)加以整理,根據(jù)序列信息進(jìn)行了蛋白編碼潛能,miRNA相互作用預(yù)測(cè)分析,并將所有結(jié)果整理成了在線數(shù)據(jù)庫(kù),方便檢索和瀏覽，在circBank數(shù)據(jù)庫(kù)中有三種搜索方式：簡(jiǎn)單快速搜索，通過circRNA信息搜索和通過miRNA信息搜索。用戶可以直接在circBank數(shù)據(jù)庫(kù)的主頁中搜索circRNA，通過該數(shù)據(jù)庫(kù)可分析環(huán)狀RNA蛋白編碼潛能，查詢與circRNA相關(guān)的miRNA的信息，發(fā)現(xiàn)miRNA-circRNA相互作用，并且可以下載數(shù)據(jù)，包括circRNA注釋，circRNA序列，circRNA保守性，miRNA-circRNA失活，circRNA修飾，circRNA蛋白編碼潛力http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/功能：2018首都醫(yī)科大學(xué)的發(fā)表在 Cell Death and Disease， 數(shù)據(jù)庫(kù)主要通過文獻(xiàn)檢索circRNA和disease的所有相關(guān)研究結(jié)果而搭建構(gòu)成的，收集日期截止于2017年11月份，一共收集了354項(xiàng)研究的分析結(jié)果，得到了330種circRNA和48類人類疾病。.分為瀏覽，下載，提交等不可少的選項(xiàng)，支持疾病，基因名，環(huán)狀rna名字搜索，結(jié)果展示清晰，是一個(gè)必不可少的circrna數(shù)據(jù)庫(kù)http://bioinfo.snnu.edu.cn/CircR2Disease/功能：收錄了661個(gè)環(huán)狀RNA,100種疾病,739個(gè)環(huán)狀RNA和疾病之間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)，該個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的記錄都是從文獻(xiàn)中整理得到的,給出疾病的名稱，環(huán)狀RNA在患病者中的表達(dá)趨勢(shì)，相關(guān)文獻(xiàn)的pubmed id等信息，主要用于檢索環(huán)狀RNA和疾病之間的關(guān)系，circR2Disease還可以構(gòu)建環(huán)狀RNA和疾病之間的互作網(wǎng)絡(luò)https://mioncocirc.github.io/功能：2019發(fā)表在 Cell，第一個(gè)把circrna和臨床癥狀，疾病聯(lián)系的數(shù)據(jù)，超過2000個(gè)樣本，包含了豐富的circrna，包括原發(fā)腫瘤嗎，轉(zhuǎn)移腫瘤和稀有的腫瘤。網(wǎng)站構(gòu)建的很好，數(shù)據(jù)可下載，可查詢。數(shù)據(jù)非常豐富http://gyanxet-beta.com/circdb/功能：收集與人類疾病相關(guān)的circRNA（除腫瘤外，還包括非腫瘤疾病，如心肌病、阿爾茨海默癥、血管發(fā)育等），并預(yù)測(cè)mirnas和人類蛋白質(zhì)編碼基因、lncRNA及cirRNA間的相互作用關(guān)系，構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò)，并對(duì)其進(jìn)行GO分析，此外，還可以將疾病相關(guān)的SNPs位點(diǎn)定位到circRNA基因座上。http://www.rnanut.net/lncrnadisease/種屬：人類（homo sapiens），大鼠（Mus musculus），小鼠（Rattus norvegicus褐家鼠），原雞（Gallus）功能：目前有19166條lncRNA信息、823條CirRNAs信息和529種疾病。該數(shù)據(jù)庫(kù)建立了已報(bào)道的及試驗(yàn)驗(yàn)證過的lncRNA、circleRNA與疾病的相關(guān)信息。同時(shí)提供ncRNA、mRNA和miRNA之間的調(diào)節(jié)關(guān)系，并將疾病名稱映射到疾病本體和醫(yī)學(xué)主題標(biāo)題，并為每個(gè)lncRNA疾病關(guān)聯(lián)提供一個(gè)置信分?jǐn)?shù)。目前仍可用，且網(wǎng)速快http://gb.whu.edu.cn/CSCD/種屬：CSCD收錄了腫瘤特異性的環(huán)狀RNA, 采用生物信息學(xué)手段分析87個(gè)腫瘤樣本中的circRNA, 并篩選出只在腫瘤患者中表達(dá)的環(huán)狀RNA。功能：在官網(wǎng)首頁,可以根據(jù)樣本,來源基因，細(xì)胞定位對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，檢索結(jié)果中，每一行為一個(gè)circRNA，會(huì)給出circRNA來源基因名稱，對(duì)應(yīng)的樣本名稱，所用軟件的名稱和對(duì)應(yīng)的表達(dá)量。對(duì)于來源基因，有以下下內(nèi)容：1. overview。這部分將基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化,矩形區(qū)域代表外顯子,黑色實(shí)線代表內(nèi)含子,同時(shí)用曲線標(biāo)記環(huán)狀RNA在來源基因上的位置,用折線代表可變剪切事件。2. Gene這部分給出基因的染色體位置。3. Transcript這部分給出轉(zhuǎn)錄本的染色體位置。4.circRNA這部分給出環(huán)狀RNA的染色體位置，5.Splice這部分給出可變剪切事件的染色體位置。對(duì)于環(huán)狀RNA,詳細(xì)信息如下：1. overview這部分對(duì)環(huán)狀RNA的結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化,同時(shí)提供了對(duì)應(yīng)的miRNA結(jié)合位點(diǎn),蛋白結(jié)合位點(diǎn),ORF區(qū)域的可視化。2. circRNA這部分給出環(huán)狀RNA的染色體位置。3. MRE代表miRNA的結(jié)合位點(diǎn),采用targetscan軟件進(jìn)行預(yù)測(cè)。4. RBP代表RNA binding protein,采用HITS_CLIP測(cè)序數(shù)據(jù)得到。5. ORF代表開發(fā)閱讀框,用于分析circRNA的編碼潛能http://bis.zju.edu.cn/CircFunBaseBlast/種屬：人類（homo sapiens），大鼠（Mus musculus），小鼠（Rattus norvegicus褐家鼠），雞，猴子，豬、牛、兔以及數(shù)十種植物功能：可以快速查詢circleRNA的名字和功能介紹。且是基于qRT-PCR的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上，另外提供了circleRNA在數(shù)十種疾病中的表達(dá)調(diào)控方向，是下調(diào)亦或是上調(diào)，還可以對(duì)fasta序列進(jìn)行blast。文章發(fā)表于2019年，數(shù)據(jù)庫(kù)較新，瀏覽速度快http://circatlas.biols.ac.cn/種屬：circAtlas包括從六種脊椎動(dòng)物（人類，獼猴，小鼠，大鼠，豬和雞）收集的19種正常組織功能：每種物種中的circRNA使用四種可靠的檢測(cè)算法進(jìn)行了識(shí)別，包括CIRI2，find_circ，CIRCexplorer2和DCC。使用CIRI-full / CIRI-vispipline重建鑒定出的circRNA的全長(zhǎng)序列。在全長(zhǎng)circRNA中搜索內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)（IRESs）和ORF，預(yù)測(cè)其編碼潛力。使用多重保守評(píng)分（MCS）方案對(duì)circRNA的保守性進(jìn)行表征，估計(jì)circRNA在物種、組織和個(gè)體三個(gè)水平上的保守性。將有關(guān)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、circRNA-miRNA和RBP結(jié)合位點(diǎn)的信息結(jié)合起來，對(duì)circRNA進(jìn)行全面注釋。使用GO和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)這些circRNA的潛在功能。同時(shí)，將circad，circR2Disease和circRNADisease數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)整合到circAtlas中，以評(píng)估circRNA與各種疾病的相關(guān)性16. BIOINF（Center of Clinical Laboratory Science, Jiangsu Cancer Hospital）http://www.bioinf.com.cn/（1）注釋環(huán)狀 RNA 的外顯子和內(nèi)含子構(gòu)成（2）圖形化注釋環(huán)狀 RNA 序列在親本基因中的功能（3）檢索 circBase 中的環(huán)狀 RNA（4）獲得環(huán)狀 RNA 的剪切序列和基因組序列（5）輔助設(shè)計(jì)環(huán)狀 RNA 背靠背引物（6）輔助設(shè)計(jì)環(huán)狀 RNA 引物跨剪切位點(diǎn)的引物（8）圖形化顯示引物在環(huán)狀 RNA 中的位置（9）將序列轉(zhuǎn)換為反向互補(bǔ)、反向和互補(bǔ)序列http://app.cgu.edu.tw/circlnc/功能：多達(dá)20種腫瘤的基于TCGA的芯片數(shù)據(jù)，可根據(jù)選擇“LogFC”“P值”篩選基因。也可以根據(jù)基因名查看數(shù)據(jù)庫(kù)樣品表達(dá)信息，制作熱圖，相關(guān)基因共表達(dá)散點(diǎn)圖，GO注釋，KEGG注釋，及互作信息（Circos圖），生存曲線分析等。也可以DIY自己的芯片數(shù)據(jù)上傳，得到不同的分析圖形18. TSCD (Tissue-specific CircRNA Database)http://gb.whu.edu.cn/TSCD/功能：CircRNA被證明有組織特異性。該數(shù)據(jù)庫(kù)提供人和小鼠主要組織中組織特異性circRNA的全局視圖，并提供器官發(fā)生和疾病進(jìn)展的新型標(biāo)志物。該數(shù)據(jù)庫(kù)從ENCODE和GEO兩個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)中收集人和小鼠不同組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)然后利用find_circ，CIRI，circRNA_finder來識(shí)別其中的環(huán)狀RNATRCirc-http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index功能：包含了超過100種細(xì)胞類型中的92375個(gè)環(huán)狀rna和161個(gè)TFs，包括690個(gè)統(tǒng)一的TFBS、36個(gè)H3K27ac、54個(gè)RNA-seq和61個(gè)450k數(shù)據(jù)集。用戶可以搜索和瀏覽circRNAs的TFBSs，以及其他相關(guān)信息，針對(duì)特定的TFs、細(xì)胞系或感興趣的circRNAs。我們的工具還使研究人員能夠輕松下載四類調(diào)控區(qū)域的TF-circRNA交互作用和其他相關(guān)信息。TRCirc有助于發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb功能：circRNADb1.0版，是人類環(huán)狀RNA分子的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。它可免費(fèi)用于非商業(yè)用途。這個(gè)circRNADb的最新版本包含32914個(gè)帶注釋的外顯子circRNA，可以作為大規(guī)模研究circRNA，特別是人類circRNA的寶貴資源。每條記錄都包括基因組位置信息，RNA編輯情況，所對(duì)應(yīng)的基因組序列，IRES序列元件，預(yù)測(cè)的ORF（Open Reading Frame）以及相關(guān)的參考文獻(xiàn)。該網(wǎng)站主界面清晰，設(shè)計(jì)人性化，在Advance Retrieval可以根據(jù)基因名稱（Gene symbol），PubMed ID及細(xì)胞或組織類型等多種檢索條件，滿足不同查詢需求 功能：這個(gè)外泌體環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫(kù)是由復(fù)旦黃勝林教授開發(fā)的。exoRBase 數(shù)據(jù)庫(kù)共收錄了 58330 種 circRNAs， 15501 種 lncRNAs， 18333 種 mRNAs，它們來自 92 份血清外泌體 RNA-seq 測(cè)序樣本。作者還依據(jù)GTEx project 獲得組織特異性 RNA 表達(dá)特征，分析了相關(guān) RNA分子的組織來源。它可以幫助我們迅速獲取來自人血液外泌體的RNA-seq數(shù)據(jù)分析得到的circRNA，lincRNA以及mRNA的信息。數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的樣本包括健康對(duì)照者32例，冠狀動(dòng)脈心臟疾?。–HD）6例，結(jié)腸癌（CRC）12例，肝細(xì)胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。數(shù)據(jù)庫(kù)提供了多種檢索途徑，可分別檢索circRNA和線性的lncRNA或mRNA，還可以通過標(biāo)本類型，基因類型，組織表達(dá)特異性信息等檢索選項(xiàng)進(jìn)行有針對(duì)性的檢索。https://nguyenjoshvo.github.io/功能：由密歇根大學(xué)開發(fā)的由癌癥臨床樣本匯編的環(huán)狀 rna 數(shù)據(jù)庫(kù)。在這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里面可以查詢到某個(gè) circRNA 在不同癌癥臨床樣本的表達(dá)情況。mionocirc是第一個(gè)廣泛的臨床，以癌癥為中心的circRNAs資源。最重要的是，我們的數(shù)據(jù)庫(kù)基本上是從臨床癌癥樣本（2000+）中構(gòu)建的，跨越了大量的疾病部位，而其他資源已經(jīng)從癌癥細(xì)胞系中提取了特征。在培養(yǎng)皿中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄過程，以及由此產(chǎn)生的circRNA的形成，與天然的腫瘤微環(huán)境相比，無疑會(huì)有很大的不同，這使得mionocirc能夠更好地代表與癌癥相關(guān)的真正的circRNA圖譜。此外，mionocirc代表了一個(gè)豐富的資源，包括原發(fā)腫瘤、轉(zhuǎn)移瘤和非常罕見的癌癥類型的circrna。感興趣的研究人員也可以查詢突變和拷貝數(shù)，因?yàn)閙ionocirc樣本是從先前發(fā)表的基因組論文中收集的。http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php功能：該數(shù)據(jù)庫(kù)是由中山大學(xué)楊建華教授團(tuán)隊(duì)開發(fā)的，該團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期研究非編碼RNA，開發(fā)了知名的非編碼RNA功能網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)工具starBase平臺(tái)。circRNABase數(shù)據(jù)庫(kù)整合了已發(fā)表的circRNA和CLIP-Seq數(shù)據(jù)，網(wǎng)站列出了能夠預(yù)測(cè)到的與CLIP-Seq數(shù)據(jù)重疊的miRNA-circRNA相互作用，能夠用來分析miRNA-circRNA互作，方便用戶尋找潛在的microRNA靶標(biāo)。
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