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RegRNA網(wǎng)站是一個(gè)功能強(qiáng)大的在線(xiàn)分析RNA motif的工具，從RNA剪接位點(diǎn)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)到miRNA結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)，通過(guò)該網(wǎng)站都能實(shí)現(xiàn)。環(huán)狀RNA作為一類(lèi)新的分子，在預(yù)測(cè)circRNA與miRNA結(jié)合位點(diǎn)的在線(xiàn)工具還不是很多，像Circular RNA Interactome等網(wǎng)站只能通過(guò)circRNA的circBase ID號(hào)進(jìn)行預(yù)測(cè)。而通過(guò)高通量測(cè)序得到新的circRNAs序列沒(méi)有對(duì)應(yīng)circBase ID號(hào)時(shí)就無(wú)法進(jìn)行預(yù)測(cè)了。RegRNA則從circRNA序列本身進(jìn)行預(yù)測(cè)，很好解決了這個(gè)問(wèn)題。RegRNA網(wǎng)站由臺(tái)灣國(guó)立交通大學(xué)科學(xué)家建設(shè)和維護(hù)，目前已經(jīng)升級(jí)到2.0版本，網(wǎng)址：http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

本次介紹通過(guò)RegRNA 2.0網(wǎng)站預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA hsa-circ-0000284的miRNAs結(jié)合位點(diǎn)。

1、第一步點(diǎn)擊菜單欄上的scan，跳轉(zhuǎn)到scan界面。將hsa-circ-0000284的基因序列粘貼進(jìn)網(wǎng)站第一個(gè)文本框中，需要注意的是序列格式?？梢詤⒖季W(wǎng)站本身給出的example序列格式。

2.下拉網(wǎng)頁(yè)找到RNA-RNA interaction region處，勾選miRNA Target Sites，這里默認(rèn)的物種是 Homo sapines不需要更改，其他預(yù)測(cè)參數(shù)可以用默認(rèn)的，也可以根據(jù)需要進(jìn)行更改。

3.設(shè)置好各項(xiàng)參數(shù)后，點(diǎn)擊submit，僅可進(jìn)行預(yù)測(cè)。reset的功能是將上述預(yù)測(cè)參數(shù)進(jìn)行重置，全部恢復(fù)至默認(rèn)狀態(tài)。

4.網(wǎng)站的預(yù)測(cè)速度一般很快，幾秒鐘后就會(huì)返回結(jié)果。下圖是預(yù)測(cè)后的結(jié)果，包括示意圖、預(yù)測(cè)到的可結(jié)合miRNAs信息及結(jié)合位點(diǎn)序列，還提供可下載的結(jié)果，非常方便。

5、點(diǎn)擊預(yù)測(cè)結(jié)果中structrue下的放大鏡標(biāo)志，可查看具體miRNA結(jié)合位點(diǎn)的詳細(xì)信息，包括RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)信息等。

文章來(lái)源：美篇，一瓣橙色