今天是生信星球陪你的第299天
大神一句話，菜鳥(niǎo)跑半年。我不是大神，但我可以縮短你走彎路的半年~
就像歌兒唱的那樣，如果你不知道該往哪兒走，就留在這學(xué)點(diǎn)生信好不好~
這里有豆豆和花花的學(xué)習(xí)歷程，從新手到進(jìn)階，生信路上有你有我！
師兄找我做蛋白和蛋白的分子對(duì)接，我以前學(xué)的都忘了，只能現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣(mài)研究了一下下，順便寫(xiě)了推送，周六要預(yù)答辯的我好像有點(diǎn)囂張啊。最近我寫(xiě)的分子對(duì)接系列很容易被大家搜到，趁這次來(lái)推一波：
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、結(jié)果解讀與評(píng)分
Autodock分子對(duì)接--1. 準(zhǔn)備工作（用pymol查看三維結(jié)構(gòu)，去除水分子，分離蛋白和小分子）
Autodock分子對(duì)接--2.蛋白和小分子的預(yù)處理（導(dǎo)出PDBQT）
先看一下蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)（如果無(wú)法打開(kāi)屬于網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題，不要問(wèn)我）：
實(shí)驗(yàn)方法測(cè)定的蛋白質(zhì)之間的相互作用。
主要收集模式生物物種中涉及的蛋白質(zhì)間相互作用，是各種相互作用的數(shù)據(jù)集
實(shí)驗(yàn)測(cè)定已知的及計(jì)算方法預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)間相互作用
搜索基因名可以得到互作關(guān)系圖
剛性對(duì)接，目前可用免費(fèi)的的都是剛性。蛋白結(jié)構(gòu)用自己預(yù)測(cè)或者從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載，詳見(jiàn)：
如何預(yù)測(cè)：蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、結(jié)果解讀與評(píng)分
如果是下載的，如何預(yù)處理在這篇：Autodock分子對(duì)接--1. 準(zhǔn)備工作（用pymol查看三維結(jié)構(gòu)，去除水分子，分離蛋白和小分子）
步驟：選擇文件，輸入學(xué)術(shù)郵箱，最后一個(gè)跳過(guò)殘基選擇的框可以選上。然后提交。
同類(lèi)還有http://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/
下載top10的結(jié)果。
用PDBePISA來(lái)分析對(duì)接結(jié)果（http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html）。
上傳即可看結(jié)果。我做失敗了，可能是其中一個(gè)蛋白太小。所以結(jié)果解讀下次吧aaa我寫(xiě)畢業(yè)論文去了。
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