前兩天，老板突然QQ發(fā)了我一張截圖
附言“糖苷類化合物涉及水解和二相代謝，原型成分很少”，然后我立馬回“好的～我來(lái)關(guān)注一下，我之前看文章的時(shí)候注意到了，在中藥給藥到細(xì)胞的時(shí)候，是先給鼠吃藥后取其血，以藥物血清的形式給藥，作用于細(xì)胞”，后來(lái)老板當(dāng)面提點(diǎn)我“你研究一下小分子和蛋白binding吧”。呵呵，我。。日常誤解老板的話。。我已經(jīng)習(xí)慣了。
研究小分子跟蛋白的相互作用方法：
平衡透析法？好像針對(duì)的是血漿蛋白吧，老板給我的幾個(gè)靶蛋白是膜蛋白和胞內(nèi)蛋白。so。pass。
請(qǐng)教師姐：分子間相互作用儀（推薦使用Fortebio分子間相互作用儀），需要純化蛋白和小分子，蛋白自己純化的話，需要合成質(zhì)粒，提取質(zhì)粒，最后純化，整個(gè)做下來(lái)估計(jì)也得三四千；如果買的話，更貴。儀器耗材更更貴，F(xiàn)ortebio的探針最小包裝的價(jià)格在一萬(wàn)左右，不同探針，價(jià)格會(huì)不一樣。你要買的話可以跟人家拼單。（我：告辭）
打蛋白質(zhì)譜，但是風(fēng)險(xiǎn)很高，即使有結(jié)合，也很有可能測(cè)不到（我：告辭）。順便提一下：如果沒(méi)有候選蛋白的話，有DARTS和Pull down實(shí)驗(yàn)可以輔助找蛋白靶點(diǎn)。
那既然做實(shí)驗(yàn)很貴。。。那就來(lái)docking一下吧。。不然拿什么跟老板交代（拿什么糊弄老板。。）
網(wǎng)址：http://systemsdock.unit.oist.jp/ （竟然out of service，一個(gè)星期之前還是可以用的。。）
systemsDock搜索界面具有用戶友好的GUI界面，用于分子制備，參數(shù)規(guī)范和結(jié)果檢查。
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的預(yù)測(cè)和分析的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，它允許對(duì)接模擬和分子途徑圖，用于綜合表征配體選擇性和解釋復(fù)雜分子網(wǎng)絡(luò)上的配體作用；當(dāng)然也是因?yàn)槭蔷W(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，最后docking是比較花時(shí)間的。
界面有介紹，所以真的很友好，but，剛剛截圖的時(shí)候看了一眼，竟然out of service。哎（服務(wù)器檢修吧，不會(huì)關(guān)門吧，那我白寫(xiě)了）。
好，不管。第一步，輸入你的靶蛋白。
我一般用uniprot查詢蛋白PDBID，輸入PDB ID，這樣比較準(zhǔn)。（查詢蛋白的網(wǎng)址很多：GenBank 、ChEMBL、PhosphoSitePlus等）。在uniprot中輸入蛋白名稱/基因名稱，選擇合適的（跟你實(shí)驗(yàn)條件最接近的那個(gè)）蛋白點(diǎn)進(jìn)去，界面左側(cè)欄直接點(diǎn)structure。
不同的PDB ID其實(shí)對(duì)應(yīng)一篇文獻(xiàn)，可以具體看看選一個(gè)，也可以全部都輸入到systemsDock中去。
第二步，輸入你的小分子。你可以自己畫(huà)（比較新穎的分子，新的天然產(chǎn)物，新骨架什么的），我一般是去pubmed用CAS號(hào)（要找對(duì)CAS號(hào)哦）搜索，下載2D/3D的SDF文件，再上傳到systemsDock網(wǎng)站上。
第三步，就是等，就是點(diǎn)docking，不用填什么郵箱，直接run。（因?yàn)閛ut of service，此步?jīng)]有截圖）。
結(jié)果：docking results。
對(duì)數(shù)柱形圖：
縱坐標(biāo)為實(shí)驗(yàn)離解/抑制常數(shù)（pkd/pki）的負(fù)對(duì)數(shù)，通常在0到10之間（即從弱結(jié)合到強(qiáng)結(jié)合），可以直接指示結(jié)合強(qiáng)度。分子結(jié)合相互作用可以用二維/三維圖形：
顯示出來(lái)，用于結(jié)構(gòu)研究，右側(cè)欄可以看到蛋白不同的配體部位。（因?yàn)榫W(wǎng)站不可用，所以圖9截的文獻(xiàn)中的，sorry。當(dāng)網(wǎng)站好用之后，夏老師覺(jué)得systemsDock不錯(cuò)的話，我建議還是用文獻(xiàn)里面的圖吧，我配的圖比較low。郵件中所附文獻(xiàn)）
可下載表格對(duì)接分?jǐn)?shù)（csv文件）、對(duì)接姿勢(shì)（sdf文件）、加工蛋白結(jié)構(gòu)（pdb文件）和預(yù)測(cè)結(jié)合相互作用（png文件）。路徑圖（sbml文件、svg/png文件）可以保存（如果可用）。
意義：1.利用預(yù)測(cè)對(duì)接方法，systemsDock可以對(duì)大量目標(biāo)蛋白進(jìn)行檢測(cè)，具有較好的預(yù)測(cè)精度。減少生物測(cè)定的試驗(yàn)次數(shù)。2.systemsDock結(jié)合精心設(shè)計(jì)的通路圖，有助于全面描述候選藥物的潛在機(jī)制，并解釋其級(jí)聯(lián)效應(yīng)，提高對(duì)藥物療效和安全性的預(yù)測(cè)。
理論：受體蛋白理論預(yù)測(cè)方法都是建立在氨基酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)決定高級(jí)結(jié)構(gòu)的理論基礎(chǔ)之上的。借助計(jì)算機(jī)的高級(jí)運(yùn)算能力模擬獲得大分子結(jié)構(gòu)等方面的信息，以及研究這些信息與生物功能之間的關(guān)系，為開(kāi)展研究生物大分子性質(zhì)和功能的試驗(yàn)提供理論數(shù)據(jù)。在很大程度上，受體蛋白空間結(jié)構(gòu)決定其功能，因此如何從蛋白質(zhì)立體結(jié)構(gòu)的物質(zhì)基礎(chǔ)上來(lái)探索其功能顯得格外重要。所以說(shuō)對(duì)接試驗(yàn)的準(zhǔn)確與否，關(guān)鍵就在于所構(gòu)建的分子模型是否正確、準(zhǔn)確。其次是受體蛋白質(zhì)分子的柔性。大型的分子模型，尤其是受體蛋白的分子模型幾乎不可能是完全剛性結(jié)構(gòu)，即在很大程度上是可以進(jìn)行形變的，但也不是說(shuō)受體蛋白分子可以進(jìn)行整體形狀的改變。如果構(gòu)建的分子模型過(guò)于簡(jiǎn)單，柔性的考慮不夠充分，是不能成功地處理復(fù)合物形成中較大的構(gòu)象變化，對(duì)接試驗(yàn)就會(huì)失敗。
systemsDock針對(duì)蛋白和小分子，考慮到半柔性對(duì)接的范疇，當(dāng)然這種情況下，計(jì)算的時(shí)間會(huì)很長(zhǎng)，很長(zhǎng)，很長(zhǎng)。
最后推薦：分子對(duì)接軟件（大分子與小分子）
1.AutoDock http://autodock.scripps.edu/ 主要應(yīng)用于生物大分子與小分子配體
2.LeDOCK http://lephar.com/ 快速準(zhǔn)確地將小分子靈活對(duì)接到蛋白質(zhì)
3.AutoDOCK Vina http://vina.scripps.edu/ 提高了結(jié)合模式預(yù)測(cè)的平均準(zhǔn)確度，通過(guò)使用更簡(jiǎn)單的打分函數(shù)加快了搜索速度
4.rDock http://rdock.sourceforge.net/ 快速通用的開(kāi)源對(duì)接程序，可用于小分子與蛋白質(zhì)和核酸對(duì)接,它專為高通量虛擬篩選和結(jié)合模式預(yù)測(cè)研究而設(shè)計(jì)
分子對(duì)接輔助工具：
Swiss-PdbViewer 分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽及相關(guān)處理。
UCSF CHIMERA-an Extensible Molecular Modeling System 高度可擴(kuò)展的程序，用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互式可視化和分析，包括密度圖，超分子組裝，序列比對(duì)，對(duì)接結(jié)果，軌跡和構(gòu)象集合?？梢陨筛哔|(zhì)量的圖像和動(dòng)畫(huà)。
OpenBabel，分子結(jié)構(gòu)格式轉(zhuǎn)換
投稿的心情：以上的內(nèi)容相當(dāng)于我最近針對(duì)研究課題做的功課整理了一番，還不是很熟練。整理的時(shí)候發(fā)現(xiàn)網(wǎng)站不能用了，很難受鬧心。另：夏老師隨便看看吧，因?yàn)榫W(wǎng)站現(xiàn)在不能用，可以當(dāng)我沒(méi)有投稿?？奁?。。
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