單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫推薦 | 這個(gè)數(shù)據(jù)庫居然能提供癌癥研究思路？
來自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開發(fā)了一個(gè)用于破譯癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的數(shù)據(jù)庫：CancerSEA，其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》。
CancerSEA包含25種癌癥的41900個(gè)腫瘤細(xì)胞，14種癌癥相關(guān)功能狀態(tài)，提供了一個(gè)癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的圖譜，并在單細(xì)胞水平上將這些功能狀態(tài)與蛋白編碼基因(PCGs)和lncRNA聯(lián)系起來，以促進(jìn)對(duì)癌細(xì)胞功能差異的機(jī)制性理解。
癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)
缺乏專用數(shù)據(jù)庫
癌細(xì)胞高度的功能異質(zhì)性對(duì)癌癥研究構(gòu)成挑戰(zhàn)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)提供了一個(gè)在單細(xì)胞分辨率上破譯癌細(xì)胞功能異質(zhì)性的機(jī)會(huì)。雖然目前有大量癌癥的scRNA-seq數(shù)據(jù)集，但是缺乏專用于破譯癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的專用數(shù)據(jù)庫。
CancerSEA是一個(gè)癌癥單細(xì)胞狀態(tài)圖譜，允許用戶查詢基因(包括PCGs和lncrna)與14種功能狀態(tài)之間的關(guān)系。Easy-to-use接口提供搜索、瀏覽、可視化和下載數(shù)據(jù)功能。
對(duì)于感興趣的基因，CancerSEA提供了其與不同癌癥中14種功能狀態(tài)的關(guān)系?？赏ㄟ^單個(gè)基因、基因列表的方式搜索。
應(yīng)用范例：SOX4已被認(rèn)為其上調(diào)賦予了癌細(xì)胞干性的特性，以SOX4為例，搜索結(jié)果顯示：SOX4的表達(dá)與幾乎所有癌癥類型的stemness狀態(tài)呈強(qiáng)正相關(guān)，特別是在頭頸部鱗癌(HNSCC)、高級(jí)別膠質(zhì)瘤(HGG)和非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)中。當(dāng)我們關(guān)注HNSCC的“功能相關(guān)性”時(shí)，發(fā)現(xiàn)SOX4在數(shù)據(jù)集'Puram SV. Cell. 2017 (Oral Cavity)’中相關(guān)性顯著。數(shù)據(jù)集中2105個(gè)單細(xì)胞的t-SNE圖顯示了很強(qiáng)的腫瘤異質(zhì)性，其中SOX4在一個(gè)細(xì)胞亞群中表達(dá)極高。
導(dǎo)師讓我研究EMT，基因靶標(biāo)怎么找
CancerSEA允許查詢感興趣的功能狀態(tài)，在“主頁”和“搜索”頁面均能以功能狀態(tài)為搜索條件，查詢與功能狀態(tài)高度相關(guān)的PCG / lncRNA目錄。
應(yīng)用范例：在“主頁”中以轉(zhuǎn)移（Metastasis）查詢，結(jié)果頁展示了所有癌癥類型的轉(zhuǎn)移活性，并獲得了至少4個(gè)scRNA-seq數(shù)據(jù)集中與轉(zhuǎn)移相關(guān)的165個(gè)基因(包括162個(gè)PCGs和3個(gè)lncRNA)。
通過癌癥名稱和功能狀態(tài)
查詢相關(guān)基因
哪些基因和乳腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)
在Search頁面可通過癌癥名稱及功能狀態(tài)搜索得到相關(guān)數(shù)據(jù)集、PCG/lncRNAs列表、PCGs相關(guān)信號(hào)通路。
通過癌癥名稱和功能狀態(tài)查詢相關(guān)基因
同時(shí)，CancerSEA提供Browse功能，通過癌癥名稱瀏覽其相關(guān)的功能狀態(tài)概況，列出與其相關(guān)所有數(shù)據(jù)集的狀態(tài)活動(dòng)分層聚類熱圖，可選擇感興趣的數(shù)據(jù)集進(jìn)一步瀏覽詳細(xì)信息，包括“詳細(xì)描述”，“功能狀態(tài)配置文件”，“細(xì)胞分布”，“PCG/lncRNAs的表達(dá)”，“拷貝數(shù)變異熱圖”。
通過癌癥名稱瀏覽其相關(guān)的功能狀態(tài)
Statistic：主要是對(duì)數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)
CancerSEA中的所有數(shù)據(jù)都可在Download頁面下載。
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