目前，對于普通正常的出口型生產(chǎn)企業(yè)增值稅的稅負率的計算公式有二種：
第一種計算方法是：（全年銷售收入*17%-進項稅額+期初進項留抵-期末進項留抵)/全年銷售收入。這是從增值稅稅負的基本模型。 注：以上計算中的進項稅額均為進項稅額-進項稅額轉出+出口貨物進項轉出，期初期末留抵均為增值稅納稅申報上的留抵數(shù)-下期申報表當月免抵退貨物應退稅額
第二種方法是：(免抵額+應納稅額)/全年銷售收入。這是生產(chǎn)型出口企業(yè)稅負簡化公式。
此兩種計算方法的理論上計算出來的結果是一致的。舉個例子：企業(yè)年初、年末留抵稅額均為0，當年購入800萬材料及動力電力，進項稅額為136萬元，當年銷售1000萬產(chǎn)品。那么，1000萬銷售產(chǎn)品中，無論出口內銷比例為多少，無論出口退稅率是多少，用以上方法一、方法二稅負均為3.4%。 過程如下：
方法一（基本模型）：（1000*17%-800*17%）/1000=3.4%
方法二（簡化公式）：設出口退稅率為X
a、出口300萬，內銷700萬情況下，
免抵退稅額=300*X=300X
應退稅額=|700*17%-（136-300*（17%-X））|=|34-300X|
免抵稅額=300X-34-300X=34
稅負=34/1000=3.4%
b、出口600萬，內銷400萬情況下，
免抵退稅=600*X=600X
應退稅額=|400*17%-（136-600*（17%-X））|=34-600X|
免抵退稅額=600X-|34-600X|=34
稅負=34/1000=3.4%
其他情況，類似，簡略。
從以上分析可以看出，出口型生產(chǎn)企業(yè)增值稅稅負，不受出口退稅率、出口實際退稅、出口內銷比率的大小影響。其稅負取決于兩因素：1、銷售額多少 2、進項稅額的多少。
但在實際操作中，簡化公式與基本公式計算出來的稅負會有所不同，甚至差異明顯。癥結在于，出口退稅申報過程中，受單證是否齊全和信息是否齊全限制，當年免抵退出口貨物銷售額往往與當年單證齊全出口額有個時間上的差別，所以實際工作中由當年單證齊全出口額計算出來的免抵退稅、免抵額，與理論上當期以免抵退出口貨物銷售額計算的的免抵退稅、免抵額也會有較大出入。
如上例a中，如果出口300萬，實際出口單證和信息齊全只有200萬，則計算出來的免抵退稅則只有200X,免抵額也就至少差別了100X。用第二種簡便方法計算出來的稅負，就與第一種方法，即實際稅負有較大差異。
實際工作中，基層稅務機關或許是為了完成征收任務，或許是理論知識上的不足，往往因為沒考慮到實際工作中兩種方法的差別，當用第二種方法計算出來的稅負偏低時，直接找上門，大談企業(yè)稅負偏低，甚至直接下稅務質詢書。 筆者曾經(jīng)就經(jīng)歷過，因08年度企業(yè)出口額與單證齊全額差別900萬人民幣，造成兩種方法計算出來的稅負有所差別。稅局專管員用第二種方法計算出來的稅負偏低為由，直接下達質詢書，要求補稅，并告訴我們，附近同行業(yè)不少企業(yè)都已經(jīng)因此而補過稅。當我們理直氣壯地把兩種計算方法及其不同羅列在質詢書上交上去時，專管員也沒了脾氣。為此我們感嘆不已，一是基層稅局管理人員知識面的狹窄及征收管理的隨意性，二是地方企業(yè)特別是中小民營企業(yè)的稅務環(huán)境艱難和無奈。
回到稅負計算問題上，對于新批的出口企業(yè)因受一定條件限制，前十三個月不能申報出口退稅期初進項留抵數(shù)中有以前年度出口但末申報退稅的進項留抵在內，且數(shù)額較大。此時當年實際稅負率的計算方法：(全年銷售收入(內外銷之和)*17%-當年進項)/全年銷售收入。 | 
