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長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指長度大于200 個核苷酸的不參與蛋白質(zhì)編碼過程的DNA 轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。

近年來， 這類lncRNA 在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)控基因表達(dá)方面的研究比較廣泛，已獲得較為深刻的認(rèn)知。最近人們認(rèn)識到lncRNA 在許多的生理、病理途徑中發(fā)揮著一定的作用，比如干細(xì)胞全能性、神經(jīng)生長分化與腫瘤發(fā)生等。

生命科學(xué)研究中非編碼調(diào)控RNA可謂是研究最火的領(lǐng)域之一，大量lncRNA數(shù)據(jù)不斷積累和各種資源數(shù)據(jù)庫被開發(fā)出來，使我們更加方便地查詢和研究。

數(shù)據(jù)團隊整理相關(guān)文獻(xiàn)總結(jié)出了24個數(shù)據(jù)庫和工具。接下來我們會對每個數(shù)據(jù)庫和工具進(jìn)行一個簡短的總結(jié)，并提供相關(guān)的鏈接和文獻(xiàn)。

NONCODE v4是一個全面的綜合注釋數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)由二代高通量測序技術(shù)產(chǎn)生，涵蓋所有類型ncRNAs，（除了rRNAs and tRNAs）。

NONCODE的優(yōu)勢之處在于其ncRNA注釋，提供編碼能力評估，位置信息，表達(dá)信息和潛在功能以及共表達(dá)等信息。另外它還對先前的基因芯片數(shù)據(jù)重注釋，以獲得更多的lncRNA表達(dá)信息。
http://www.noncode.org

LncRBase是一個基于特征序列（如CGIs和重復(fù)序列）來分析IncRNA功能的注釋數(shù)據(jù)庫。

2015年11月，LncRBase收錄了83201個鼠的和133361個人類的ncRNA轉(zhuǎn)錄本，分析內(nèi)容包含“l(fā)ncRNA-ncRNA互作”或“Alu repeat elements”結(jié)果。
http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/

lncRNome是專門收集人類lncRNAs信息的知識數(shù)據(jù)庫，包括疾病、表達(dá)、生物功能和表觀遺傳等相關(guān)信息。
http://genome.igib.res.in/lncRNome/

NERD是一個發(fā)育和分化相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù)庫，包含各種組織特異表達(dá)的lncRNA。

用戶可以在特定的器官，部位和細(xì)胞中查詢lncRNA的表達(dá)情況。
http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl

C-It-Loci收錄了來自人類、鼠和斑馬魚的組織特異性IncRNA數(shù)據(jù)庫。它考慮了lncRNAs序列的保守性，能使用物種間保守性區(qū)域或位點來識別相關(guān)
lncRNAs。
http://c-itloci.unifrankfurt.de

Co-LncRNA提供了lncRNAs共表達(dá)、GO注釋和KEGG通路的富集分析結(jié)果。數(shù)據(jù)主要來自細(xì)胞系和人類樣本的RNA-Seq實驗數(shù)據(jù)。
http://www.biobigdata.com/Co-LncRNA/

LNCipedia是一個人類lncRNA轉(zhuǎn)錄序列和結(jié)構(gòu)的注釋數(shù)據(jù)庫，使用二級結(jié)構(gòu)信息建立了一個標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)一的分類和命名體系。

lncRNA信息包含編碼能力評估，預(yù)測開放閱讀框和二級結(jié)構(gòu)等信息。
http://www.lncipedia.org

LncRNA2Function是一個lncRNA功能注釋的數(shù)據(jù)庫。LncRNA2Function注釋了來自GENCODE數(shù)據(jù)庫的lncRNAs，結(jié)果包含通路注釋和GO注釋。
http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/

Starbase是一個lncRNA與其他分子相互作用的數(shù)據(jù)庫。主要使用CLIP-seq和CLASH等實驗數(shù)據(jù)來支持mRNAs，miRNAs，RNAs，蛋白質(zhì)和其他各種類型
的ncRNAs之間的相互作用。
http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

LncRNAdb是一個真核生物的lncRNA綜合數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫包括特異的序列結(jié)構(gòu)信息，如轉(zhuǎn)錄本、基因組位置、表達(dá)、亞細(xì)胞定位和保守位點以及相關(guān)的功能和疾病。
http://www.lncrnadb.org

fRNAdb結(jié)合了SRE和CGI信息以及表觀遺傳學(xué)數(shù)據(jù)（甲基化、組蛋白修飾），以提高lncRNA的準(zhǔn)確性。
http://valadkhanlab.org/database

Linc2Go是一個lncRNA的功能注釋數(shù)據(jù)庫，它基于ceRNA假說，即假設(shè)lncRNAs與microRNAs相互作用來抑制mRNA的轉(zhuǎn)錄，從而預(yù)測lncRNA功能。
http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/liuke/Linc2GO/

在哺乳動物中存在大量高度保守的lncRNA，這些lncRNAs可能具有調(diào)控細(xì)胞功能的作用。coding/non-coding gene co-expression(CNC)預(yù)測是一種基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浜吞卣鱽眍A(yù)測lncRNAs可能的功能。

ChIPBase使用染色質(zhì)免疫沉淀結(jié)合深度測序(ChIP-seq)數(shù)據(jù)來連接lncRNAs與表觀遺傳因子，并且整合了轉(zhuǎn)錄因子(TF)-lncRNA、TF-miRNA TF-miRNA-miRNA和TF –ncRNA等調(diào)控關(guān)系。

ChIPBase結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)(TFBS)的組織特異表達(dá)譜來預(yù)測TF與lncRNAs作用關(guān)系，來闡釋其在轉(zhuǎn)錄調(diào)控，染色質(zhì)重塑和組蛋白修飾中的關(guān)鍵作用。
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

lncRNASNP是一個SNPs對lncRNA以及結(jié)合miRNA能力的影響的信息數(shù)據(jù)庫。LncRNASNP提供結(jié)合位點，自由能能和互作的結(jié)合分值。

此外，LncRNASNP提供了單個SNPs對lncRNA的二級結(jié)構(gòu)影響的可視化示意圖。
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

LncRNADiseas是收集各種實驗驗證的與lncRNA相互作用的信息數(shù)據(jù)庫(蛋白質(zhì)、RNA, microRNA，DNA…)，通過對疾病的聚類和序列的保守性（SNP的
分布密度）來預(yù)測lncrna與疾病的相關(guān)性。
http://www.cuilab.cn/lncrnadisease

Lnc2Cancer是人工收集1500多篇已發(fā)表的論文，提取了531個lncRNAs與86種癌癥相關(guān)的1057個作用關(guān)系。數(shù)據(jù)庫包含lncRNA在癌癥中的表達(dá)水平(上升或下調(diào))。
http://www.biobigdata.com/lnc2cancer/home.jsp

ncFANs是一個用于注釋基因芯片中包含lncRNAs的分析平臺，它通過蛋白與lncRNAs共表達(dá)(CNC)網(wǎng)絡(luò)來注釋lncRNAs的功能。
http://www.bioinfo.org/ncfans/

lncRNAtor是一個包含表達(dá)譜，ncRNA-蛋白結(jié)合和進(jìn)化分值和編碼能力注釋的LncRNA序列的數(shù)據(jù)信息平臺。LncRNA-蛋白結(jié)合是lncRNAtor一個特有功能。

此外，lncRNAtor提供了一個器官、癌癥、藥物、組織和發(fā)育階段等RNA-Seq數(shù)據(jù)的整合分組。
http://www.bioinfo.org/NPInter/lncPro.htm

lncPro工具是一個為數(shù)不多的專門用于預(yù)測lncRNAs和蛋白質(zhì)相互作用的工具。

與lncRNAtor通過使用差異表達(dá)數(shù)據(jù)來確定結(jié)合作用不同，lncPro是使用機器學(xué)習(xí)的模型，通過對lncRNA二級結(jié)構(gòu)、氫鍵傾向和范德瓦爾斯力進(jìn)行計算，從而對lncRNA-protein配對關(guān)系進(jìn)行預(yù)測。

DIANA-LncBase是一個用于分析lncRNAs在人類和鼠中的生理和病理的影響。通過ORF方法來識別lncRNAs，并且顯示lncRNA-miRNA互相作用。最后，使用序列保守性、人類lncRNA和蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄本對其進(jìn)行功能注釋。
http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=lncBase/index

lncRNAMap的是一個人類lncRNAs全面整合的數(shù)據(jù)庫。lncRNAMap提供lncRNA沉默干擾后的信息。

從公開的siRNA文庫或siRNA-target的深度測序數(shù)據(jù)來預(yù)測miRNAs和siRNA的靶l(wèi)ncRNAs。
http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/

TF2LncRNA工具月用于評估TFs與lncRNAs之間的相關(guān)性。使用超幾何檢驗對ENCODE數(shù)據(jù)庫中的ChIP-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行基因本體(GO)或通路富集的統(tǒng)計評估。

對于lncRNA-TFs查詢，使用Benjamini-Hochberg法對于p值的統(tǒng)計校正。
http://mlg.hit.edu.cn/tf2lncrna/index.jsp

lncRNAs作為癌癥關(guān)鍵分子的作用不斷認(rèn)識，TANRIC包含大量RNA-Seq數(shù)據(jù)集，允許通過生物學(xué)意義和藥物敏感對lncRNAs臨床研究進(jìn)行探索。

使用20種癌癥的表達(dá)譜包含TCGA和和其他獨立的數(shù)據(jù)集（共計8000多個樣本），TANRIC包含lncRNA的生物分子及臨床信息之間的關(guān)聯(lián)分析并且支持可視化，例如，熱圖和聚類。
http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html

LongTarget是一個來預(yù)測lncRNA-DNA結(jié)合motifs和結(jié)合位點的工具。按照6個Hoogsteen和18個反向Hoogsteen規(guī)律來分析lncRNA和DNA序結(jié)結(jié)合并預(yù)測TFO和TSS。
http://lncrna.smu.edu.cn