lncRNA參與調(diào)控體內(nèi)眾多的生理和病理過程，其作用無處不在，是目前醫(yī)學(xué)和生命科學(xué)領(lǐng)域研究的熱點。為了記錄LncRNA與疾病之間的關(guān)聯(lián)，有人專門開發(fā)了一個數(shù)據(jù)庫Lnc2Cancer。但是隨著高通量技術(shù)的發(fā)展，癌癥-lncRNA關(guān)聯(lián)的數(shù)量也在迅速增加，今天為大家介紹下這個更新的人類癌癥中實驗支持的LncRNA的數(shù)據(jù)庫--Lnc2Cancer v2.0。http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/
Lnc2Cancer是一個人類癌癥中實驗支持的LncRNA的數(shù)據(jù)庫，提供了實驗支持的循環(huán)、耐藥和癌癥預(yù)后lncRNA，還顯示了由microRNA、轉(zhuǎn)錄因子、變異和甲基化調(diào)節(jié)的lncRNAs。它允許我們搜索與各種人類癌癥相關(guān)的所有已知實驗支持的lncRNA。
開發(fā)者在PUBMED中超過6500篇文獻(xiàn)中手動收集了LncRNA與癌癥之間的關(guān)聯(lián)，完善了lncRNA-癌癥關(guān)聯(lián)并進(jìn)行了注釋。在Lnc2Cancer v2.0中，我們可以瀏覽、可搜索，還能下載結(jié)果，并可以對癌癥與LncRNA之間的關(guān)聯(lián)進(jìn)行評分以及能夠查看癌癥中LncRNA譜的高通量實驗。
搜索項包括普通搜索和高級搜索。
①普通搜索僅輸入LncRNA和癌癥名稱，點擊Search。② 高級搜索包括了用表達(dá)模式、生物標(biāo)記類型、調(diào)節(jié)機(jī)制、常用方法和樣本等更多的檢索選項。點擊LncRNA-Centric，輸入lncRNA名稱，點擊Search。
可以看到LncRNA在不同癌癥中的表達(dá)及相關(guān)文獻(xiàn)，點擊Details可查看詳細(xì)信息。點擊Cancer-Centric，輸入癌癥名稱，點擊Search。
可以看到癌癥中不同LncRNA的表達(dá)及相關(guān)文獻(xiàn)，點擊Details可查看詳細(xì)信息。點擊High-throughput experiment，搜索癌癥名稱，可以得到癌癥中l(wèi)ncRNA譜的高通量實驗，包括樣本信息和分組信息，并通過外部鏈接檢查可用數(shù)據(jù)。這里點擊GSE號可鏈接到GEO數(shù)據(jù)庫。
點擊LncRNA-Cancer Score，輸入LncRNA和癌癥名稱，點擊Search可以得到癌癥與lncRNA的評分。
此外，也可點擊以下圖標(biāo)查詢實驗支持的循環(huán)、耐藥和癌癥預(yù)后lncRNA，以及由microRNA、轉(zhuǎn)錄因子、變異和甲基化調(diào)節(jié)的lncRNAs。
也可以下載所有l(wèi)ncRNA和疾病之間的關(guān)聯(lián)，可以說是一個非常權(quán)威的數(shù)據(jù)庫了！
7、lncRNA常用數(shù)據(jù)庫大盤點
◆ LncRNA綜合性數(shù)據(jù)庫
NONCODE—http://www.noncode.org/LncRBase—http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/lncRNAWiki—http://lncrna.big.ac.cnGreeNC—http://greenc.sciencedesigners.comlncRNAMap—http://lncRNAMap.mbc.nctu.edu.tw/lncRInter—http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRInter/DIANA-LncBase—www.microrna.gr/LncBaselncRNAtor—http://lncrnator.ewha.ac.kr/◆ LncRNA相關(guān)的結(jié)構(gòu)和突變（包含SNP）數(shù)據(jù)庫
LncRNASNP—http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/SNP@lincTFBS—http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/SNPlincTFBS/LNCipedia—http://www.lncipedia.org/LNCediting—http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/Lnc2Meth—http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/
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