conda原本是為了解決Python模塊安裝的依賴問題，然而可能是無心栽柳柳成蔭，conda目前已經(jīng)超越了其最初目的而存在，可以解決大多數(shù)軟件的安裝和配置，包括各種本身與python毫無關(guān)系的包，也就涵蓋了，我們大多數(shù)的生物信息學軟件。而為此conda的軟件源有多種，其中專門收錄了生物信息學軟件的軟件源，亦即bioconda。所以bioconda僅僅是conda的軟件源之一，與bioconductor之于CRAN，bioperl之于CPAN是類似的。所以掌握bioconda，事實上也就是掌握conda，反之亦然。
可以安裝Anaconda，也可以安裝miniconda，具體如果沒有root權(quán)限，建議安裝后者，安裝過程類似，簡單，
wget "https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh"
# 安裝程序
sudo sh Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh
# 添加以下環(huán)境變量
sudo vim /etc/bashrcexport PATH=/tools/anaconda3/bin:$PATH安裝完了conda，剩下的其實就只配置bioconda（其實就只是添加軟件源）
如果root身份運行則添加到全局，如果是用戶身份運行則會修改用戶主目錄下的.condarc文件，與bashrc, bashprofile等類似
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda以上，無論是conda默認的軟件源還是bioconda軟件源都是國外的，速度非常慢，
所以需要增加國內(nèi)軟件源，同時bioconda已經(jīng)有清華，中科大兩個國內(nèi)鏡像，也添加進去
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# biocondaconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --set show_channel_urls yes
# 查看目前conda軟件源情況
conda info使用conda/bioconda的過程其實也就是使用conda進行軟件的安裝和配置過程
主要的使用方法有兩種：
對于root，，有時候其他用戶需要一些軟件，安裝起來還是比較麻煩的，此時直接使用conda安裝，可能會非常方便，舉例，安裝bwconda install bwa
如此，bwa的安裝就完成了，可以直接在所有客戶的默認環(huán)境中使用，
在當前環(huán)境下直接使用conda進行軟件的安裝，事實上就與yum apt-get dnf類似，安裝軟件，同時將軟件配置到當前環(huán)境變量，對于anoconda而言，可能是 PATH/anaconda3/bin/bwa, 其中，在安裝anoconda的時候，PATH/anoconda/bin已經(jīng)被添到環(huán)境變量中 - 如果沒有，請自行添加
對于非root用戶而言，如果直接運行conda install bwa，那么可能會受到寫入權(quán)限的限制，此時可以使用conda最靈活的操作，模擬虛擬環(huán)境（注意不是創(chuàng)建），
# 創(chuàng)建環(huán)境
conda create -n bioinfoSpace
# 加載環(huán)境--事實上，就是將這個環(huán)境中安裝了的軟件路徑添加到$PATH中
source activate bioinfoSpace
# 安裝各種自己需要的軟件，以供使用 --- 注意，此時已經(jīng)在模擬的虛擬環(huán)境中
conda install bwa bowtie# 此時可以使用這些軟件了
# 使用結(jié)束，可以退出環(huán)境，---conda也就是將這些軟件的路徑從$PATH變量中刪去
source deactivate此外，對于模擬虛擬環(huán)境的這種使用方法上，其實還有一種非常常見的應(yīng)用場景，
亦即，服務(wù)器上安裝的是pythono3 而此時我們需要使用以下python2.7 ,卻不想調(diào)整系統(tǒng)配置，如何處理
condacreate-n py2 python=2.7
activate py2
# 使用完畢之后，退出
source deactivate如果需要特定版本的軟件，比如samtools，怎么辦？conda install samtools=0.1.19
以上，在生物信息軟件中conda的安裝和使用，應(yīng)該都非常清楚了，
詳細的使用方法，可以參考conda 的 conda cheat sheet
聯(lián)系客服
