元朝進(jìn)攻日本失敗后，日本就停止向中國(guó)進(jìn)貢了。
元末，沿海出現(xiàn)海盜，張士誠(chéng)、方國(guó)珍的殘兵帶著倭寇侵?jǐn)_沿海。
朱元璋在位時(shí)，倭寇被明軍打敗。
之后，朱元璋派人去見(jiàn)日本國(guó)王，命令其歸附明朝。日本國(guó)王就派人來(lái)進(jìn)貢，并把之前劫去的七十多名中國(guó)人送了回來(lái)。
接著，朱元璋下令收編海上的方國(guó)珍殘兵。
廖永忠建議建造戰(zhàn)船，沿海巡邏，驅(qū)逐倭寇，避免其逼近海岸，朱元璋批準(zhǔn)了他的建議。
之后，胡惟庸密謀造反，與日本勾結(jié)，陰謀泄露后，日本派來(lái)的士兵都被殺死。
其后，倭寇仍然不斷進(jìn)犯，朱元璋讓湯和在海上巡視，并在沿海筑城防御。
永樂(lè)年間，朱棣剛即位時(shí)，派鄭和等人宣諭海上各國(guó)，日本首先歸附朱棣。
之后，倭寇又來(lái)侵?jǐn)_，朱棣下令剿殺，并在金州旅順口一帶設(shè)置防備。
經(jīng)過(guò)明軍剿殺后，倭寇大大收斂，但并未絕跡。
到明英宗朱祁鎮(zhèn)時(shí)候，對(duì)倭寇放松了戒備。結(jié)果倭寇所到之處十分殘暴，朝廷方才下令加緊防備。
到了嘉靖年間，倭寇仍然猖獗。
宋素卿去過(guò)日本，此時(shí)與日本人一起來(lái)進(jìn)貢，有人認(rèn)出宋素卿，就向上匯報(bào)，卻沒(méi)人理會(huì)。
這時(shí)，日本國(guó)王不能做主，日本大臣們就各自來(lái)進(jìn)貢，十分混亂，宋素卿就是跟著其中的一伙來(lái)進(jìn)貢的。
宋素卿十分狡詐，此時(shí)就實(shí)施賄賂，讓自己這一路占先，引起幾路日本人在中國(guó)境內(nèi)內(nèi)斗，并乘勢(shì)燒殺搶掠，殺死明朝官民，有大臣因此再次上奏，宋素卿才被抓了起來(lái)殺死。日本進(jìn)貢也暫時(shí)停止。
經(jīng)此一事之后，倭寇開(kāi)始藐視明朝。
后來(lái)，日本國(guó)王請(qǐng)求恢復(fù)進(jìn)貢，明朝答應(yīng)了，但限制進(jìn)貢的人數(shù)。可是，日本人貪圖中國(guó)貨物的利潤(rùn)，以進(jìn)貢為由的人數(shù)常常超過(guò)限制，到了中國(guó)就賴著不走，限制也就形同虛設(shè)了。
夏言上書，說(shuō)倭寇是由于海上貿(mào)易引起的，于是海上貿(mào)易被禁止。這樣，明朝的奸商和富豪就加劇了與倭寇的勾結(jié)，反倒讓倭寇更加猖獗。
日本貨物再次進(jìn)入時(shí)，先是找中國(guó)的商人銷售，商人借機(jī)賴賬，日本商人就去找明朝官員，但官員賴賬更嚴(yán)重，日本商人拿不到錢，就在海上搶劫。那些官員們想把日本商人驅(qū)走，就呼吁“抗倭”，等朝廷出兵后，那些官員又向日本商人泄密，想讓日本商人早點(diǎn)離開(kāi)。如此時(shí)間長(zhǎng)了，倭寇大怒，聲稱拿不到錢就不走了。沿海的明朝一些人則為其做向?qū)?，侵?jǐn)_百姓。
朱紈等人被派去剿滅倭寇，過(guò)了一段時(shí)間后，朱紈發(fā)現(xiàn)了問(wèn)題，就上奏說(shuō)：“剿滅倭寇容易，剿滅內(nèi)寇難。剿滅內(nèi)寇容易，剿滅官寇難”，并列出勾結(jié)倭寇的富豪和官員的名單，請(qǐng)求予以處置，卻沒(méi)得到回應(yīng)。無(wú)奈，朱紈只好自行將一批勾結(jié)倭寇的富豪和官員處死，引起這個(gè)群體的不滿，于是這些人開(kāi)始誣陷朱紈，最后朱紈氣得自殺而死。
之后，朝廷又開(kāi)放了海上貿(mào)易，那些勾結(jié)倭寇的船主和富豪們喜出望外，更加囂張。
汪直一直在海上做非法生意，是船主的首領(lǐng)，倭寇十分敬服汪直。汪直等人就和倭寇勾結(jié)在一起，侵?jǐn)_沿海。
朝廷見(jiàn)勢(shì)不好，就又派王忬（讀玉）前去剿滅。王忬到任之后，重用俞大猷（讀由）等人，選取勇猛善戰(zhàn)的士兵，取得勝利。汪直逃走，繼續(xù)流竄襲擾。
任環(huán)新招募了三百士兵，告訴他們將與倭寇死戰(zhàn)。這三百士兵不回家和親人告別，只是給家里留了一封信就出征了。每次交戰(zhàn)，任環(huán)都身先士卒，所以士兵們也不遺余力。面對(duì)倭寇，任環(huán)常常帶兵夜里與其周旋。一次，情況危急，任環(huán)躲在水溝里，倭寇從任環(huán)身邊走過(guò)，也沒(méi)發(fā)現(xiàn)任環(huán)。
這時(shí)，一些沿海無(wú)賴也加入倭寇趁火打劫，致使倭寇隊(duì)伍里的日本人只占二三成。
王忬抓獲了一批偷偷向倭寇通風(fēng)報(bào)信的人，此后，倭寇就失去了消息來(lái)源，開(kāi)始像無(wú)頭蒼蠅一樣亂竄。海上的倭寇也因此失去了糧食和火藥來(lái)源，只好退走。
王忬又修建了一些城池。杭州的守官以前一聽(tīng)說(shuō)倭寇的消息就讓百姓上城防守，百姓疲憊不堪。王忬說(shuō)“我派出偵查的人已經(jīng)足夠，你們不用這么多慮，不至于敵人沒(méi)來(lái)就折騰自己”，讓杭州改變了這種做法，百姓都十分高興。
但這時(shí)朝廷卻把王忬調(diào)走了，致使倭寇死灰復(fù)燃。
趙文華建議在海上祭祀，鎮(zhèn)住倭寇。朱厚熜（讀聰）就讓趙文華去祭祀，同時(shí)負(fù)責(zé)剿滅倭寇。趙文華到任之后胡作非為，官民反倒更加不得安寧。
張經(jīng)的手下不服管束，趙文華因此彈劾張經(jīng)故意縱容倭寇，但緊接著張經(jīng)就取得了抗倭以來(lái)的最大勝仗，但趙文華彈劾張經(jīng)的奏書已經(jīng)送上去了，雖然有人建議讓張經(jīng)將來(lái)“以功贖罪”，但張經(jīng)還是被處死。
倭寇逼近蘇州，城外的百姓搶著進(jìn)城躲避，但城門緊鎖，百姓們?cè)诔峭馓?hào)哭不止，有人用繩子往城上爬，繩子斷裂，又摔了下來(lái)。這時(shí)正好任環(huán)趕回，說(shuō)：“怎么能看著老百姓不管呢？即使里面摻雜著倭寇刺探，有我在，也不用怕。”然后任環(huán)就去開(kāi)了城門，讓百姓們排隊(duì)進(jìn)城，救了幾萬(wàn)百姓。接著，任環(huán)帶兵出城與倭寇交戰(zhàn)，將倭寇殺回太湖。任環(huán)派水兵緊追不舍，倭寇把搶來(lái)的物品丟下，落荒而逃。
任環(huán)家有喪事，卻一直在前線作戰(zhàn)，既為親人哀傷，又因作戰(zhàn)辛勞，終于病情發(fā)作而死。
趙文華聽(tīng)說(shuō)倭寇戰(zhàn)敗，急忙趕來(lái)?yè)尮Γe報(bào)自己的“戰(zhàn)功”，但還是上報(bào)晚了。趙文華惱羞成怒，和胡宗憲去和倭寇交戰(zhàn)，結(jié)果大敗而回，趙文華更加憤怒，把敗兵的責(zé)任推給別人，自己卻免除了罪責(zé)。
一些地區(qū)武裝（當(dāng)時(shí)的狼兵、土兵等）也參與了抗倭，但同時(shí)卻也劫掠百姓，于是后期就不再征用這些地區(qū)武裝了。
趙文華說(shuō)倭寇就要被消滅了，朱厚熜半信半疑，就問(wèn)嚴(yán)嵩，嚴(yán)嵩則百般遮掩，朱厚熜還是不太相信。、
趙文華聽(tīng)說(shuō)后，十分害怕，就把責(zé)任推到別人身上，把胡宗憲推到前線。
胡宗憲主張和平解決倭寇問(wèn)題，同時(shí)開(kāi)始對(duì)倭寇實(shí)施離間計(jì)，殺死海盜徐海，功勞卻又被趙文華竊取。
接著，胡宗憲又去騙汪直投降，并建議赦免汪直，汪直也自稱愿意肅清海盜，為自己贖罪，但朝廷不同意赦免汪直，胡宗憲就把汪直殺死了。
這時(shí)，很多人說(shuō)胡宗憲與倭寇勾結(jié)，胡宗憲就歸罪于俞大猷。俞大猷不善于鉆營(yíng)，嚴(yán)世蕃很不喜歡他，于是俞大猷被抓了起來(lái)。大臣們認(rèn)為俞大猷冤屈，就借來(lái)三千金，送給嚴(yán)世蕃，俞大猷才得以不死。
但仍有人說(shuō)胡宗憲沒(méi)有盡職盡責(zé)，要逮捕胡宗憲，胡宗憲自殺而死。
胡宗憲在跟著趙文華的時(shí)候，趙文華膽小怯戰(zhàn)，每次都是胡宗憲沖在前面。后來(lái)胡宗憲大權(quán)在握，給自己埋下禍根。
這時(shí)，戚繼光接連取勝，與俞大猷并肩作戰(zhàn)，將福建一帶倭寇蕩平。
倭寇從浙江敗退到福建，盤踞了七八年，殺死軍民十多萬(wàn)，此時(shí)終于被剿滅。
之后，倭寇之患才得以平息。
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