可是，得罪了張飛就等于得罪了劉備，劉備生氣的說：“孤欲定天下，而子初專亂之。其欲還北，假道於此，豈欲成孤事邪？”劉備剛入益州，穩(wěn)定為上，可是劉巴卻故意搗亂，破壞和諧的大好氛圍，讓劉備很沒有面子。但是，后來劉備又覺得自己說話太硬了，劉巴肯定不吃這一套，于是劉備轉而軟語安慰，說：“子初才智絕人，如孤，可任用之，非孤者難獨任也?！蹦銊桶。嗽谖覄涞氖稚?，誰會重用你這個聰明人呢？
劉巴很厲害，就算是諸葛亮也曾經(jīng)表示：“運籌策於帷幄之中，吾不如子初遠矣！”
于是，在劉備一手威嚇，一手軟求的雙重壓力下，劉巴只能選擇了從眾，歸順了劉備。
在劉備攻打成都的時候，曾經(jīng)向官兵們表示，一旦攻入成都，財寶隨便搶，可等到進入益州之后，物價飛漲，經(jīng)濟幾乎要崩潰。劉備自然不能收回成命，那樣就是打自己嘴巴了。還是劉巴提了個建議，劉巴建議鑄造新錢，可以以一當百，自然可以平抑物價。推行之后，益州的經(jīng)濟果然迅速穩(wěn)定下來。
劉巴在劉備身邊官運還不錯，先是擔任尚書，等到法正死去之后又接任為尚書令，成為蜀漢中央高級官員，在劉備稱帝前后的幾乎所有文告、詔令，都是出自劉巴的手筆。
可是，劉巴知道，劉備并非是真正信任自己，雖然自己有才，可是從來沒有當自己是心腹。于是劉巴小心翼翼的過著自己的小日子，除了朝廷的公事，從來不和蜀漢官場的其他人來往，除了一些一定要表態(tài)的公事，劉巴也從來不隨便評論是非，夾著尾巴做人。于是，劉備擁有了愛才的美名，劉巴也得以茍全性命。
