九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区

在前面的兩節(jié)內(nèi)容中我們介紹了Nextflow的安裝和流程監(jiān)控平臺Nextflow Tower, 大家如果對軟件安裝還有疑問可以查閱平臺中前面兩節(jié)的內(nèi)容。這里我們以nextflow的一個具體運行腳本來進(jìn)行講解，腳本代碼如下（可以將代碼保存到文件example.nf中）：

#!/usr/bin/env nextflow

nextflow.enable.dsl=2

process foo {

    output:

      path 'foo.txt'

    script:

      """

      echo 'Hello World’ > foo.txt

      """

}

 process bar {

    input:

      path x

    output:

      path 'bar.txt'

    script:

      """

      cat$x > bar.txt

      """

}

workflow {

    data = foo()

    bar(data)

}

代碼講解：

nextflow.enable.dsl=2 表示我們將使用DSL的擴展版本2，最早開發(fā)版本為DSL 1，DSL 2在語法上更為簡潔，推薦小伙伴們使用DSL 2，估計DSL 1 后面也不會更新了。

代碼中process表示定義流程，在上面的代碼中我們定義了兩個流程：

第一個流程foo是將'HelloWorld’字符串輸出到一個名稱為 foo.txt的文件中，nextflow中的process可以理解為'函數(shù)’，process中包含輸入和輸出，輸入在input中加入要使用的參數(shù)，output為輸出的參數(shù)或文件；

第二個流程bar會讀入一個文件，并將文件中的內(nèi)容輸出到'bar.txt’中；

Workflow中定義流程該如何執(zhí)行，你可能會在腳本中寫入N多個不同的process，但是只有在workflow中調(diào)用的process才會被執(zhí)行，本例中我們是執(zhí)行了foo和bar兩個process。

data = foo() 表示data會接收foo() 這個process的output，并將輸出傳遞給bar() 這個process。

程序執(zhí)行，輸入下面的命令：

   nextflow   run   example.nf       

運行完成后，會在程序所在的執(zhí)行目錄中生成一個work目錄，并且會存在兩個文件夾，文件夾中就保存了程序執(zhí)行過程中生成的foo.txt和bar.txt文件。