本文由醫(yī)信融合團(tuán)隊(duì)成員“張皓旻”撰寫,已同步至微信公眾號(hào)“醫(yī)信融合創(chuàng)新沙龍”與“表觀精準(zhǔn)治療”,更多精彩內(nèi)容歡迎關(guān)注!
近期嘗試并學(xué)習(xí)了 docker,同時(shí)為滿足后期分析數(shù)據(jù)的需要,便開始探索在個(gè)人 PC 上搭建生信分析環(huán)境。
電腦配置:
系統(tǒng)版本:
在此特別強(qiáng)調(diào)!這個(gè)版本非常重要,需要在 19041 以上,否則隨后的一些操作無(wú)法完成。
好了,明確以上些信息后,我們便可以一步一步往下進(jìn)行。
目前 windows 已發(fā)布兩個(gè)版本 WSL(linux 子系統(tǒng)),WSL1 和 WSL2,其中 WSL1 一般的 win10 專業(yè)版都可以開啟,但是 WSL2 必須在 19041 版本以上才能安裝。在我的電腦里,我同時(shí)安裝了兩個(gè)版本,因考慮到兩個(gè)版本的 WSL 各有長(zhǎng)處,詳細(xì)見如下表格。
最重要的一點(diǎn),想要在 windows 上安裝 docker,必須基于 WSL2,否則無(wú)法完成安裝
下面開始一步一步同時(shí)開啟兩個(gè)版本的 WSL
安裝WSL1
WSL1 的安裝相對(duì)簡(jiǎn)單,首先到 windows 的設(shè)置窗口開啟 linux 子系統(tǒng)
設(shè)置 > 應(yīng)用 > 程序和功能 > 啟用或關(guān)閉 windows 功能
點(diǎn)擊確定,windows 會(huì)自動(dòng)開始安裝相關(guān)組件,待結(jié)束后會(huì)提示重啟,按提示操作即可。
等待即可,一段時(shí)間后會(huì)提示讓設(shè)置用戶名及密碼,設(shè)置好之后就可以使用啦!
安裝WSL2
WSL2 的安裝其實(shí)與 WSL1 類似,但是在 windows 設(shè)置中需要開啟這一項(xiàng)。
##隨后打開命令行(管理員模式)運(yùn)行這兩行命令
dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart
dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart
##運(yùn)行后一定要重啟電腦
隨后在應(yīng)用商店下載 Ubuntu 版本,下載后點(diǎn)擊啟動(dòng)進(jìn)行安裝。
設(shè)置好用戶名和密碼后即可使用。若你希望像我一樣同時(shí)擁有 2 個(gè)版本的子系統(tǒng)以供不同的使用需求,則需要進(jìn)行如下操作。
##在命令行(管理員模式)中運(yùn)行以下命令
wsl --shutdown
wsl --set-version Ubuntu-18.04 2
wsl --set-version Ubuntu-20.04 1
之后運(yùn)行
wsl -l -v
可以看到這個(gè)場(chǎng)景
請(qǐng)忽略我裝的 docker......
隨后我在 WSL1 中安裝了 conda 供日常安裝生信軟件和腳本,在 WSL2 中安裝了 docker 以供學(xué)習(xí)大的環(huán)境搭建和流程搭建。
對(duì)于 windows 的生信軟件無(wú)非就是 R、Rstudio、cytoscape 等,這些軟件的安裝就不再贅述了。
接下來(lái)!跟隨我的腳步一步一步學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組分析吧......
加油!少年!
圖文:張皓旻
本文編輯:李晨龍
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