九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区

Newick 是最常見(jiàn)的進(jìn)化樹(shù)文件格式，了解這種格式之前，有必要先掌握樹(shù)狀結(jié)構(gòu)的構(gòu)成。首先來(lái)看一個(gè)tree的示例

對(duì)于一棵樹(shù)而言，其節(jié)點(diǎn)可以分成三類

1. root node

2. internal nodes

3. leaf nodes

在上述示例中，一共有A-F共6個(gè)節(jié)點(diǎn)。其中A-D, 通常稱之為葉子節(jié)點(diǎn)leaf nodes， 葉子節(jié)點(diǎn)往下在沒(méi)有其他的節(jié)點(diǎn)了; E稱之為內(nèi)部節(jié)點(diǎn)internal nodes，往下還有其他的節(jié)點(diǎn)；F稱之為根節(jié)點(diǎn)root node,  是整個(gè)樹(shù)中所有節(jié)點(diǎn)的公共祖先。

所有節(jié)點(diǎn)之間存在了層級(jí)關(guān)系，A,B,E這3個(gè)節(jié)點(diǎn)直接和根節(jié)點(diǎn)F相連，是樹(shù)狀結(jié)構(gòu)中的第一層，C和D和E相連，是樹(shù)狀結(jié)構(gòu)中的第二層。位于同一層級(jí)的節(jié)點(diǎn)，互稱為同胞節(jié)點(diǎn)sliding nodes; 層級(jí)關(guān)系中位于上一層的節(jié)點(diǎn)，稱之為父節(jié)點(diǎn)parent node，比如E就是C和D的父節(jié)點(diǎn); 類似的，C和D稱為E的子節(jié)點(diǎn)child node。

樹(shù)狀結(jié)構(gòu)中，除了節(jié)點(diǎn)外，還包括了分支 branch, 分支長(zhǎng)度是非常重要的屬性。比對(duì)從根節(jié)點(diǎn)F到葉子節(jié)點(diǎn)A的分支長(zhǎng)度為0.1， 到葉子節(jié)點(diǎn)B的長(zhǎng)度為0.2。

當(dāng)我們表示一個(gè)樹(shù)狀結(jié)構(gòu)時(shí)，本質(zhì)上是表示節(jié)點(diǎn)和分支的信息。對(duì)于newick這種格式，采用圓括號(hào)將同胞節(jié)點(diǎn)括起來(lái)，多個(gè)節(jié)點(diǎn)之間用逗號(hào)相連，比如A和B表示為

對(duì)于父節(jié)點(diǎn)，直接寫在子節(jié)點(diǎn)圓括號(hào)的外面，比如C，D, E 表示為

通過(guò)圓括號(hào)的嵌套區(qū)分不同層級(jí)，然后就可以表示出一個(gè)完整的樹(shù)，上述的tree表示為

上述的表示方式缺少了分支的信息，對(duì)于分支的信息，將其當(dāng)做節(jié)點(diǎn)的屬性來(lái)表示，和節(jié)點(diǎn)的名稱之間用冒號(hào):分割，比如A:0.1。當(dāng)加上分支信息后，上面的tree表示為

這種表示方式涵蓋了tree文件中所有的信息，但是在實(shí)際使用中，我們通常更關(guān)注葉子節(jié)點(diǎn)，內(nèi)部結(jié)點(diǎn)只是用來(lái)呈現(xiàn)tree的層級(jí)結(jié)構(gòu)，其名稱并不是很重要。同時(shí)根節(jié)點(diǎn)也可以忽略不顯示，所以上述tree可以表示為