在會計核算上，不僅要注意資金的來源，還需要關注資金來源的渠道。即使資金來源相同，也可能由于其來源渠道的不同，導致使用的會計科目的不同。
（一）專項資金的收入核算
在《政府會計制度》下，將從同級財政部門取得的各類財政撥款定義為“財政撥款預算收入”“財政撥款收入”，將本級橫向轉(zhuǎn)撥財政款和上級與下級政府財政部門及政府部門安排的財政款定義為“非同級財政撥款預算收入”“非同級財政撥款收入”。
某省屬A高校每年向省財政部門上繳學費等收入、報送預決算，省級財政部門向此高校下達預算資金，則省級財政部門是其“同級政府財政部門”。
1、A高校收到所有省級財政撥款的高水平院校的建設資金，應計入“財政撥款預算收入”“財政撥款收入”；
2、在國庫支付制度已至臻完善的今天，財政資金垂直下達，即使是中央財政資金也往往通過省本級國庫直接下達，年末A高校向省級財政部門報送決算，那么收入則應確認為“財政撥款收入”“財政撥款預算收入”；
3、A高校收到省教育廳通過國庫轉(zhuǎn)撥的財政性資金，由于省教育廳已將此款列為“財政撥款收入”“財政撥款預算收入”，則撥入高校時則屬于“本級橫向轉(zhuǎn)撥財政款”。高校收到此資金時應計入“非同級財政撥款預算收入”。
所以在資金來源一致，但是渠道不同，就導致了使用科目的不同。
除了財政部門撥款，學校收到的其他組織對項目的投入或者收到捐贈收入，應計入“其他收入”“其他預算收入”，“捐贈收入”，“捐贈預算收入（或其他預算收入）”；向銀行申請貸款用于項目建設計入“長期借款”“債務預算收入”。這些則屬于非財政性專項資金，由于其來源不同，其核算方式也不同。
在實際工作中，鑒于各類事業(yè)單位收到的專項資金性質(zhì)多樣，在進行專項資金收入賬務處理時，還應結(jié)合資金性質(zhì)及支出用途，按照《政府收支分類科目》中所列“支出功能分類科目”及具體的項目進行明細核算。
（二）專項資金的支出核算
各類事業(yè)單位的專項資金支出有別于日常性經(jīng)費支出，其用于專項業(yè)務活動、基本建設工程、大型修繕和設備購置等有關事業(yè)發(fā)展的專項支出方面。專項資金的支出在財務會計體系中通過“業(yè)務活動費用”科目核算，在預算會計體系中則通過“事業(yè)支出- 項目支出”科目及以“財政撥款支出- 項目支出”“非財政專項資金支出- 項目支出”等科目進行明細核算。
在核算專項資金支出時，要注意區(qū)分本單位向?qū)獑挝晦D(zhuǎn)撥的專項資金與本單位向附屬單位下?lián)艿难a助費用之間的差別，不能將各類具有轉(zhuǎn)撥性質(zhì)的專項資金納入對附屬單位補助費用的核算范圍中，二者相互獨立，不具有包含關系。
由于專項資金單獨核算的要求，為了便捷核算，提高統(tǒng)計與應用的科學性，進行專項資金賬務處理時，除按“支出功能分類科目”、具體項目及經(jīng)濟科目外，建議啟用輔助賬按專項要求的資金來源、支出方向等進行輔助核算。
（三）專項資金的期末結(jié)轉(zhuǎn)
專項資金的期末余額結(jié)轉(zhuǎn)，在財務會計體系中通過“本年盈余”科目核算，按照對應的二級科目明細將期末余額結(jié)轉(zhuǎn)至本年盈余即可。在預算會計體系中應堅持兩步法原則，
第一步：要區(qū)分資金來源性質(zhì)，即財政性資金通過“財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)”科目核算，非財政性資金通過“非財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)”科目核算；
第二步：要明確結(jié)余資金是否上繳，對應上繳的財政性結(jié)余資金，首先將應上繳結(jié)余資金由“財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)”科目結(jié)轉(zhuǎn)至“財政撥款結(jié)余”科目，其次再作借記“財政撥款結(jié)余”，貸記“資金結(jié)存”的賬務處理，對于應上繳的非財政性資金，直接作借記“非財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)”，貸記“資金結(jié)存”的賬務處理，最后將留存本單位的結(jié)余資金結(jié)轉(zhuǎn)至“財政撥款結(jié)余”及“非財政撥款結(jié)余”科目。
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