中國(guó)北方草原上，蒙古族有兩種來(lái)源，草原百姓（東部蒙古）和林中百姓（西部蒙古）。南宋時(shí)期，東部蒙古崛起，成吉思汗建立了龐大的蒙古帝國(guó)，此時(shí)西部蒙古成為蒙古帝國(guó)的一部分，被劃分為四個(gè)萬(wàn)戶。
明朝時(shí)期，元朝的后裔稱為本部蒙古，即韃靼，西部蒙古這一部分稱為瓦剌。明朝初期，韃靼和瓦剌都曾臣服，幾十年后，瓦剌入侵，土木堡之戰(zhàn)俘虜了明英宗。
明末清初，本部蒙古分化為漠北蒙古和漠南蒙古。清朝采用和親、封王的辦法分化拉攏，使這兩部分蒙古成為滿清的盟友，進(jìn)行了有效控制。
明朝時(shí)期，瓦剌部在蒙古韃靼部打擊下，向西遷移改稱為衛(wèi)拉特部，下分為準(zhǔn)噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部四部，也稱為漠西蒙古。分布地區(qū)北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區(qū)，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛(ài)山分界線，西包巴爾喀什湖地區(qū)。
十七世紀(jì)，準(zhǔn)噶爾部統(tǒng)一了漠西蒙古4部，并征服了察合臺(tái)汗國(guó)，建立準(zhǔn)噶爾汗國(guó)。其疆域北接額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游，南到西藏阿里地區(qū)，西包巴爾喀什湖，東至蒙古薩彥嶺及色愣格河流域，面積達(dá)500萬(wàn)平方公里。
清朝建立初期，準(zhǔn)噶爾汗部稱臣?？滴跏辏?671年），準(zhǔn)噶爾部首領(lǐng)噶爾丹，不斷用兵擴(kuò)張地盤妄圖統(tǒng)一全蒙古，重建大蒙古汗國(guó)?？滴醵拍辏?690年），噶爾丹率精銳騎兵3萬(wàn)打到離北京僅700里的內(nèi)蒙古烏蘭布通，嚴(yán)重威脅到清朝的安全?？滴趸实塾H率大軍與準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)決戰(zhàn)，清軍憑借大炮轟擊，大敗準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)。
康熙三十五年（1696年），準(zhǔn)噶爾部集合3萬(wàn)騎兵進(jìn)犯，康熙皇帝率10萬(wàn)清軍分路出擊，在昭莫多地方（今蒙古國(guó)烏蘭巴托東南）將準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)阻截包圍，幾乎全殲噶爾丹的精銳部隊(duì)。此后，康熙時(shí)期，又多次與準(zhǔn)噶爾作戰(zhàn)。
雍正十年（1732年）額爾德尼昭之戰(zhàn)后，清朝與準(zhǔn)噶爾之間暫時(shí)和平。然而直到乾隆時(shí)期，準(zhǔn)噶爾部依然不斷擴(kuò)張，成為清朝的最大外患。
乾隆十年（1745）準(zhǔn)噶爾汗王去世后，上層為爭(zhēng)奪汗位內(nèi)亂不斷。1753年，達(dá)瓦齊在姑父阿睦爾撒納的幫助下奪得準(zhǔn)噶爾汗位。得到汗位后，達(dá)瓦齊和阿睦爾撒納不和，阿睦爾撒納戰(zhàn)敗率殘兵2萬(wàn)人降清，衛(wèi)拉特蒙古多個(gè)部落先后歸附清朝。
準(zhǔn)噶爾的內(nèi)亂使清朝掌握了準(zhǔn)噶爾內(nèi)部情況，乾隆二十年（1755年）2月，清朝發(fā)兵5萬(wàn)兵分兩路， 直搗伊犁。清軍征達(dá)瓦齊途中，準(zhǔn)噶爾“大者數(shù)千戶，小者數(shù)百戶，攜酮酪，獻(xiàn)羊馬、絡(luò)繹道左，行數(shù)千里，無(wú)一人抗顏者”。汗王達(dá)瓦齊兵敗被押送至北京，乾隆免死加恩封為親王，入旗籍，賜地京師，從而初定了準(zhǔn)噶爾部。
清朝分封衛(wèi)拉特諸部汗王， 以分化其勢(shì)力。此時(shí)，阿睦爾撒納又起兵反叛，殺死留駐伊犁的清朝官兵，企圖統(tǒng)一衛(wèi)拉特蒙古。乾隆二十一年（1756年），清朝出兵平叛，阿睦爾撒納不敵四處流竄，1年后死在俄羅斯。
乾隆二十二年（1757年），清軍完全控制了天山南北兩路。然而剩余的準(zhǔn)噶爾人仍堅(jiān)持抵抗，使清軍損兵折將。乾隆皇帝認(rèn)為其“豺狼成性”，下令將叛亂部落盡行剿滅，“永絕根株”?！肚甯咦趯?shí)錄》和《平定準(zhǔn)噶爾方略》記載，乾隆諭令前線將領(lǐng)：“必應(yīng)全行剿滅，不得更留余孽”。
平定準(zhǔn)噶爾后，清朝先將反叛首領(lǐng)押送到京師；然后將部眾從新疆伊犁押送東遷，在新疆巴里坤草原到甘肅肅州之間區(qū)域，分批進(jìn)行屠殺，僅留下婦女兒童。清軍中有大量漠北蒙古和漠南蒙古人，他們對(duì)準(zhǔn)噶爾人恨之入骨，成為這次屠殺的主力。幾十萬(wàn)準(zhǔn)噶爾人被殺，婦女兒童被分配，沒(méi)有參與反叛的部落被編入八旗，準(zhǔn)噶爾蒙古人從此滅絕。
從康熙十年（1671年）開始，清朝經(jīng)80多年征戰(zhàn)終于平定了準(zhǔn)噶爾部蒙古，將西域納入中華版圖，稱為新疆。乾隆平定準(zhǔn)噶爾部，擴(kuò)大200多萬(wàn)平方公里疆土，把此戰(zhàn)列為他一生10大功之首。
平定新疆后，準(zhǔn)噶爾蒙古人從此滅絕，北疆人口匱乏。1762年、1763年，清朝分兩次調(diào)防張家口外察哈爾蒙古官兵至新疆，又將東歸的土爾扈特蒙古和碩特蒙古安置在新疆。1764年，滿族、達(dá)斡爾族、錫伯族等被從東北調(diào)遣到新疆伊犁、塔城一帶駐防。這以后，新疆漢族人口大量增加，成為農(nóng)業(yè)開發(fā)的生力軍。
明初，幾十年時(shí)間征服了蒙古瓦剌和韃靼，但未能根除，整個(gè)明朝時(shí)期，蒙古都是大患。
滿清通過(guò)和親和封王征服了漠北和漠南蒙古；從康熙到乾隆，80多年時(shí)間終于根除了衛(wèi)拉特諸部蒙古。從此，整個(gè)蒙古草原和新疆，都被清朝有效統(tǒng)治。
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