公元1368年明太祖朱元璋派遣徐達(dá)、常遇春等人率軍北伐攻克元大都（今北京），元順帝逃回漠北草原。脆弱的游牧經(jīng)濟(jì)不足以支撐忽必烈仿照中原漢制建立的大一統(tǒng)帝國(guó)，蒙古貴族對(duì)成吉思汗直系后裔黃金家族的離心傾向開(kāi)始日漸增長(zhǎng)。公元1388年四月明將藍(lán)玉在捕魚兒海（今貝爾湖）之戰(zhàn)中俘獲蒙古嬪妃公主一百二十三人、官員三千余、人口七萬(wàn)七千多、馬駝牛羊十五萬(wàn)多頭以及大量印章、圖書、兵器、車輛。
捕魚兒海之戰(zhàn)的失敗使黃金家族在蒙古貴族們面前徹底顏面盡失，很快蒙古各部逐漸宣布脫離黃金家族的大元政權(quán)而獨(dú)立，蒙古草原重新回到了成吉思汗統(tǒng)一之前的諸部割據(jù)狀態(tài)。在蒙古各部的割據(jù)混戰(zhàn)過(guò)程中各部落形成了錯(cuò)綜復(fù)雜的聯(lián)盟體系：先是形成了韃靼和瓦剌兩股主要?jiǎng)萘?，到了明末清初蒙古草原各部大體形成漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古、漠西衛(wèi)拉特蒙古三部分。
主要生活在如今我國(guó)內(nèi)蒙古自治區(qū)的蒙古部族稱為漠南蒙古，生活在新疆天山以北地區(qū)的蒙古族稱為漠西衛(wèi)拉特蒙古，而生活在如今蒙古國(guó)境內(nèi)的蒙古族則稱為漠北喀爾喀蒙古。這其中漠西衛(wèi)拉特蒙古主要是由準(zhǔn)噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四大部落和一些小部落共同組成。長(zhǎng)期以來(lái)和碩特部始終作為衛(wèi)拉特聯(lián)盟的盟主存在，然而進(jìn)入17世紀(jì)以后準(zhǔn)噶爾部在首領(lǐng)哈喇忽剌的領(lǐng)導(dǎo)下日漸強(qiáng)盛起來(lái)。
明清易代之時(shí)漠西衛(wèi)拉特蒙古內(nèi)部也正發(fā)生劇烈的變化：日漸強(qiáng)大起來(lái)的準(zhǔn)噶爾部向西壓迫土爾扈特部，從而迫使其遷徙到了伏爾加河下游，又向東奪取了杜爾伯特部的領(lǐng)地。1634年準(zhǔn)噶爾部的首領(lǐng)哈喇忽剌去世，其子巴圖爾琿臺(tái)吉繼任首領(lǐng)。巴圖爾琿臺(tái)吉是準(zhǔn)噶爾部歷史上承前啟后的一代雄主：繼位當(dāng)年他就出動(dòng)兩千余人攻擊在亞梅什湖開(kāi)發(fā)鹽業(yè)的俄國(guó)人并主動(dòng)進(jìn)攻秋明要塞。
1638年巴圖爾琿臺(tái)吉在博克塞里（今博克賽爾蒙古自治縣）建成自己的城；1640年巴圖爾琿臺(tái)吉制定了《喀爾喀—衛(wèi)拉特法典》；1648年巴圖爾琿臺(tái)吉授命喇嘛咱雅班第達(dá)將過(guò)去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作為準(zhǔn)噶爾的統(tǒng)一文字。巴圖爾琿臺(tái)吉盡管身為準(zhǔn)噶爾部歷史上的一代雄主，但這時(shí)的他畢竟只是漠西衛(wèi)拉特蒙古的部族之一，此時(shí)的準(zhǔn)噶爾部面對(duì)長(zhǎng)期作為衛(wèi)拉特盟主的和碩特部仍處于相對(duì)弱勢(shì)的地位。
巴圖爾琿臺(tái)吉繼位十年之后闖王李自成的軍隊(duì)攻破北京，崇禎皇帝自縊煤山，接著山海關(guān)總兵吳三桂引清軍入關(guān)剿滅農(nóng)民起義軍和南明勢(shì)力。巴圖爾琿臺(tái)吉面對(duì)新興的大清帝國(guó)不得不極為明智地選擇向清朝顯示自己的恭順姿態(tài)：順治三年(1646)包括準(zhǔn)噶爾在內(nèi)的衛(wèi)拉特各部首領(lǐng)二十二人聯(lián)名奉表貢，清廷賜以甲胄弓矢，命其統(tǒng)轄諸部。1653年巴圖爾琿臺(tái)吉去世，第五子僧格繼任準(zhǔn)噶爾部首領(lǐng)。
然而僧格的兄弟們卻并不服從于他，此后僧格和自己的兄弟們展開(kāi)了長(zhǎng)達(dá)十余年的內(nèi)戰(zhàn)才將反對(duì)勢(shì)力暫時(shí)平息下去。然而到了1671年僧格的兩個(gè)哥哥——車臣和卓特巴巴圖爾暗殺了僧格。巴圖爾琿臺(tái)吉的夫人尤姆阿噶斯哈敦派人前往西藏勸正在西藏跟隨五世達(dá)賴學(xué)佛的兒子噶爾丹還俗歸鄉(xiāng)，噶爾丹的還俗之請(qǐng)得到了五世達(dá)賴和達(dá)賴的管家桑結(jié)嘉措的支持，五世達(dá)賴?yán)镞€特意賜予噶爾丹'博碩克圖'的稱號(hào)。
1676年噶爾丹俘獲其叔父楚琥爾烏巴什，至此在準(zhǔn)噶爾部?jī)?nèi)部再無(wú)人能與噶爾丹爭(zhēng)鋒。次年正月二十日噶爾丹擊敗身為衛(wèi)拉特盟主的和碩特部，昔日松散的衛(wèi)拉特聯(lián)盟被噶爾丹變成了事實(shí)上的準(zhǔn)噶爾汗國(guó)。康熙十八年（1679年）七月噶爾丹領(lǐng)兵3萬(wàn)迫使吐魯番、哈密臣服，準(zhǔn)噶爾勢(shì)力已伸展至甘州（今甘肅張掖）一帶。從康熙十九年（1680年）起準(zhǔn)噶爾貴族統(tǒng)治南疆達(dá)80余年之久。
噶爾丹在成功迫使哈薩克汗國(guó)臣服、烏茲別克汗國(guó)稱臣進(jìn)貢后得以稱雄西域，與此同時(shí)噶爾丹還頻頻展開(kāi)對(duì)沙俄的外交活動(dòng)。噶爾丹在位時(shí)期準(zhǔn)噶爾由天山以北的一個(gè)衛(wèi)拉特部落同時(shí)向南疆、中亞、青海、西藏、內(nèi)蒙古、外蒙古等地?cái)U(kuò)張。這時(shí)的北亞已形成了大清帝國(guó)、準(zhǔn)噶爾汗國(guó)和沙皇俄國(guó)三足鼎立互動(dòng)的局面。即使在噶爾丹的死后準(zhǔn)噶爾部也并未被平定。
康熙、雍正、乾隆三代對(duì)準(zhǔn)噶爾汗國(guó)進(jìn)行了持續(xù)不斷的打擊，直到乾隆二十年（公元1755年）清軍才成功攻克伊犁并俘獲準(zhǔn)噶爾大汗綽羅斯·達(dá)瓦齊。此后準(zhǔn)噶爾部的阿睦爾撒納一度舉兵叛亂，但于1757年被清軍平定，至此準(zhǔn)噶爾汗國(guó)徹底滅亡。清代前期為什么會(huì)用三代人的時(shí)間對(duì)準(zhǔn)噶爾汗國(guó)進(jìn)行持續(xù)打擊呢？準(zhǔn)噶爾汗國(guó)被平定究竟有何歷史影響呢？
準(zhǔn)噶爾汗國(guó)希望效仿成吉思汗統(tǒng)一整個(gè)蒙古，而這恰恰正是清朝無(wú)論如何無(wú)法容忍的。清朝的立國(guó)之策就是“滿蒙一家'。1593年蒙古科爾沁部明安和喀爾喀部勞薩與努爾哈赤遣使通好，“自是蒙古諸貝勒通使不絕”。1619年明朝大軍在薩爾滸之戰(zhàn)中慘敗于后金的現(xiàn)實(shí)使明朝和蒙古這對(duì)宿敵看到了新興的后金的力量，于是作為當(dāng)時(shí)的漠南蒙古諸部名義上的宗主的察哈爾部林丹汗隨即邀約了喀爾喀五部配合明朝協(xié)防鐵嶺。
然而由蒙古和明朝組成的聯(lián)軍卻在女真人的打擊下土崩瓦解。天命九年（1624年）科爾沁部成為蒙古諸部中率先臣屬于后金者。次年林丹汗發(fā)兵討伐科爾沁部，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年）后金征巴林部、扎魯特部，掠其人口、牲畜而歸。這一時(shí)期后金對(duì)蒙古諸部采取政治安撫與軍事打擊相結(jié)合的策略。
后金與歸附自己的蒙古部落進(jìn)行會(huì)盟、聯(lián)姻，而集中主要精力打擊身為漠南蒙古各部盟主的察哈爾部。后來(lái)的孝莊太后和她的姑姑哲哲皇后以及姐姐宸妃海蘭珠都是在這時(shí)嫁入后金宮廷的。天聰九年（明崇禎八年，1635年）四月皇太極討伐察哈爾部的林丹汗，徹底統(tǒng)一漠南蒙古諸部并獲得元朝的傳國(guó)玉璽。次年皇太極帝并兼任蒙古大汗，同時(shí)改女真族名為滿洲、改后金國(guó)號(hào)為清。
清朝統(tǒng)治者所要構(gòu)建的實(shí)際上是一個(gè)涵蓋滿、蒙、漢多民族的大一統(tǒng)國(guó)家。清軍甚至組建了蒙古八旗，借助蒙古各部的力量制衡中原漢人以維持自身統(tǒng)治。清朝皇帝接受蒙古和滿人貴族的共同朝拜。有清一代皇族之女嫁給蒙古王爺、皇子皇孫迎娶蒙古王公的女兒這樣的事就從未間斷過(guò)。從皇太極起清朝的歷代皇帝都有一個(gè)蒙古汗號(hào)：皇太極叫博格達(dá)徹辰汗、順治叫額耶爾札薩克汗、康熙叫恩赫阿木古朗汗......
清朝所謂的“滿蒙一家”并非單純對(duì)蒙古諸部執(zhí)行親善政策，而是對(duì)歸附于己的蒙古各部執(zhí)行親善政策，而對(duì)諸如準(zhǔn)噶爾部這種不愿與清王朝成為一家的部族就是冷酷無(wú)情的打擊了。簡(jiǎn)單理解就是清朝統(tǒng)治者向蒙古諸部喊話聲稱“滿蒙一家”，結(jié)果準(zhǔn)噶爾來(lái)了一句“誰(shuí)跟你一家？”于是清朝統(tǒng)治者立刻回復(fù)道：“你要不愿意跟我一家，我就把你打成一家”。整個(gè)有清一代始終堅(jiān)持對(duì)蒙古諸部實(shí)行順者安撫、逆者討伐的既定政策。
事實(shí)上準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的野心還不只在于統(tǒng)一蒙古：同時(shí)向南疆、中亞、青海、西藏、內(nèi)蒙古、外蒙古等地?cái)U(kuò)張的準(zhǔn)噶爾汗國(guó)實(shí)際上成為了清王朝在西部地區(qū)的一大勁敵。從康熙十七年（公元1678年）起噶爾丹就在追擊和碩特部的過(guò)程中進(jìn)入過(guò)青海。噶爾丹早年在西藏學(xué)佛期間曾與五世達(dá)賴?yán)锏墓芗疑＝Y(jié)嘉措關(guān)系密切。如果任由噶爾丹吞并青藏高原，那么大清的西部疆界將完全暴露在準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的威脅之下。
噶爾丹死后準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的新大汗策妄阿拉布坦于康熙五十四年(1715年)派兵襲擊哈密北境五寨，兩年后他又派遣臺(tái)吉大策凌敦多布率6000軍從伊犁河谷出發(fā)，經(jīng)過(guò)和田，攻占拉薩，殺拉藏汗，在衛(wèi)藏建立統(tǒng)治。考慮到青藏高原的地緣優(yōu)勢(shì)將使準(zhǔn)噶爾汗國(guó)在面臨清軍時(shí)具有居高臨下的巨大優(yōu)勢(shì)。準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的擴(kuò)張實(shí)際上已對(duì)清王朝西部地區(qū)的穩(wěn)定造成了嚴(yán)重的威脅。
事實(shí)上清朝的版圖在相當(dāng)程度上正是在與準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的戰(zhàn)斗中逐漸形成的。在清軍入關(guān)之前就已被征服的漠南蒙古諸部一直與清皇室保持著聯(lián)姻關(guān)系，同時(shí)漠南蒙古諸部也被納入了清朝盟旗制度管轄之下。這時(shí)外蒙古（漠北喀爾喀蒙古）和西蒙古（漠西衛(wèi)拉特蒙古）名義上也臣服于清王朝，可實(shí)際上并沒(méi)真正歸順入疆。當(dāng)時(shí)的外蒙古（漠北喀爾喀蒙古）主要分為土謝圖汗部、札薩克圖汗部和車臣汗部這三大部落。
盡管這三大部落同屬漠北喀爾喀蒙古，不過(guò)彼此之間也是戰(zhàn)亂不斷。漠北喀爾喀蒙古比起漠南蒙古諸部距離北京城更遠(yuǎn)且毗鄰俄羅斯邊界。這種獨(dú)特的地緣區(qū)位使其同時(shí)受到漠南蒙古、準(zhǔn)噶爾部、西藏格魯派以及俄羅斯等各方面的影響，因此清王朝對(duì)其的控制力度始終不及漠南諸部。康熙二十七年（1688年）漠北喀爾喀蒙古在西蒙古準(zhǔn)噶爾部的威脅下歸附清朝。
兩年后康熙率兵十萬(wàn)御駕親征噶爾丹后采取軟硬兼施的方法與外蒙古諸部進(jìn)行會(huì)盟。外蒙古諸部在準(zhǔn)噶爾部和東進(jìn)的俄羅斯勢(shì)力的雙重壓力下也希望得到清王朝的保護(hù)?？滴跖c外蒙古王公在多倫會(huì)盟后取“江河入海和萬(wàn)宗歸一”之意在當(dāng)?shù)亟ⅰ皡R宗寺”。從此外蒙古通過(guò)條約的形式正式納入清王朝的版圖。1720年清軍入藏驅(qū)逐了準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)，至此清王朝在西藏建立起自己的統(tǒng)治。
到了乾隆年間隨著準(zhǔn)噶爾汗國(guó)被徹底平定使得自唐朝后期以來(lái)丟失近千年之久的天山南北區(qū)域再次納入中原王朝的版圖之內(nèi)。此時(shí)清朝的疆域達(dá)到了超過(guò)1300萬(wàn)平方公里的歷史最大值。乾隆因此地為清朝新得疆土故命名為新疆。1759年清朝又平定天山以南的伊斯蘭教白山派首領(lǐng)大小和卓叛亂，從此完全確立了清朝對(duì)新疆的穩(wěn)固統(tǒng)治。清代對(duì)新疆的統(tǒng)治比起漢唐時(shí)期的羈縻制度更為穩(wěn)固。
準(zhǔn)噶爾汗國(guó)全盛時(shí)期的面積達(dá)到七百萬(wàn)平方公里。這時(shí)的準(zhǔn)噶爾汗國(guó)足以與清帝國(guó)、沙皇俄國(guó)、法國(guó)、西班牙、荷蘭、奧斯曼帝國(guó)、波斯、莫臥兒帝國(guó)等國(guó)共同躋身當(dāng)時(shí)全球最強(qiáng)的十大帝國(guó)行列。1683年葛爾丹派往伊爾庫(kù)茨克的代表團(tuán)向沙俄表示：在俄國(guó)與清朝在黑龍江的沖突中支持沙俄。以此為標(biāo)志開(kāi)啟了準(zhǔn)俄聯(lián)合抗清的歷史序幕。在1690年的烏蘭布通之戰(zhàn)后葛爾丹還曾一度放言“借俄羅斯鳥(niǎo)槍兵六萬(wàn)助戰(zhàn)”。
清王朝為拆散準(zhǔn)噶爾和俄羅斯的聯(lián)盟不得不對(duì)俄國(guó)做出重大讓步：康熙年間的《尼布楚條約》、雍正年間的《恰克圖條約》都在相當(dāng)程度上對(duì)沙俄予以遷就。1754年至1763年英國(guó)、法國(guó)、西班牙、普魯士、奧地利、俄羅斯等歐洲列強(qiáng)在歐洲本土、北美洲、中美洲、西非、印度等地爆發(fā)了一場(chǎng)爭(zhēng)奪殖民地和霸權(quán)的戰(zhàn)爭(zhēng)。俄國(guó)在參與歐洲爭(zhēng)霸時(shí)又在遠(yuǎn)東煽動(dòng)準(zhǔn)噶爾汗王達(dá)瓦齊對(duì)清朝用兵。
中國(guó)的地形整體上呈西高東低之勢(shì)。晚清時(shí)期左宗棠曾對(duì)中國(guó)的山川地理形式分析道：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛(wèi)京師。西北臂指相連，形式完整，自無(wú)隙可乘。若新疆不固，則蒙部不安，非特陜甘、山西各邊時(shí)虞侵軼，防不勝防，即直北關(guān)山亦將無(wú)晏眠之日。中國(guó)的山川形勝皆起自西北，棄西部即棄中國(guó)”。準(zhǔn)噶爾汗國(guó)被平定恰恰使清朝在新疆、西藏等地的統(tǒng)治穩(wěn)固起來(lái)。
準(zhǔn)噶爾汗國(guó)被平定后其故地實(shí)際上成為了清帝國(guó)與沙皇俄國(guó)之間的戰(zhàn)略緩沖區(qū)。隨著準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的被平定使清朝得以形成這樣一種國(guó)防經(jīng)濟(jì)布局：由于牢牢掌握著新疆、西藏等地的統(tǒng)治權(quán)使清朝不僅獲得了廣闊的戰(zhàn)略縱深，而且還擁有了一種居高臨下的地利優(yōu)勢(shì)。從此西部地區(qū)成為鞏衛(wèi)國(guó)防的屏障。正由于這道屏障的存在使位于腹地的中原、江南得以安心發(fā)展經(jīng)濟(jì)建設(shè)。
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