以今天的眼光來看，神農(nóng)就是炎帝，兩者代表同一個人，因此《五帝本紀(jì)》中對神農(nóng)與炎帝的描述，用詞就頗讓人不解：
《五帝本紀(jì)》：“軒轅之時，神農(nóng)氏世衰。諸侯相侵伐，暴虐百姓，而神農(nóng)氏弗能征。于是軒轅乃習(xí)用干戈，以征不享，諸侯咸來賓從。而蚩尤最為暴，莫能伐。炎帝欲侵陵諸侯，諸侯咸歸軒轅?！?/p>
黃帝之時，神農(nóng)王朝衰落，于是諸侯互相戰(zhàn)爭，導(dǎo)致民不聊生，但神農(nóng)氏無力平叛。接下來，黃帝部、蚩尤部、炎帝部三國鼎立，猶如上古版三國演義。
其中，司馬遷為何分別說神農(nóng)與炎帝，而不是說“神農(nóng)炎帝”？實際上原因很簡單，歷史上神農(nóng)是神農(nóng)，炎帝是炎帝，兩者不是同一個人。更為重要的是，神農(nóng)與炎帝是兩個階段的歷史人物（或部落代號），一個出自母系社會，一個出自父系社會。
先秦文獻(xiàn)中，神農(nóng)與炎帝的關(guān)系并未明確，但一般炎帝是炎帝，神農(nóng)是神農(nóng)，即便一段話中同時出現(xiàn)兩者時，語氣上也表明似非一人。
《國語·晉語》記載說炎黃乃兄弟二人，“黃帝以姬水成，炎帝以姜水成”。雖然炎黃兄弟說不太可信，但也說明兩人可能大致處于同一時代。
《周易·系辭》：“包犧氏（伏羲）沒，神農(nóng)氏作，斫木為耜，揉木為耒，耒耨之利，以教天下?！狈巳ナ阑蚍瞬柯渌『?，神農(nóng)氏開始興起，大興農(nóng)耕技術(shù)。
可見，神農(nóng)與炎帝不太可能是同一個人，神農(nóng)遠(yuǎn)在黃帝、炎帝之前，因此《五帝本紀(jì)》記載的意思是，神農(nóng)氏統(tǒng)治衰落后，黃帝、炎帝、蚩尤開始興起，準(zhǔn)備建立他們的統(tǒng)治。
不過，由于先秦文獻(xiàn)中沒有明確神農(nóng)與炎帝的關(guān)系，于是可能就此讓后人誤解。
西漢末年，宗室劉向校訂《世本》時，將炎帝與神農(nóng)視為同一個人。此后，神農(nóng)與炎帝漸漸就成了一個人，其中以皇普謐帶來的影響最大。
魏晉皇普謐在《帝王世紀(jì)》中，繪聲繪色地記載了“神農(nóng)炎帝”身世：“神農(nóng)氏，姜姓也。母曰任姒，有蟜氏女，登為少典妃，游華陽，有神龍首，感生炎帝。人身牛首，長於姜水。有圣德，以火德王，故號炎帝?！?/p>
自皇普謐之后，神農(nóng)炎帝正式合二為一，后世史家在注釋先秦文獻(xiàn)時，都將兩人注釋為同一個人，影響直至今天。
但仔細(xì)分析皇普謐的這段記載，卻也可以看到神農(nóng)與炎帝不可能是同一個人。
根據(jù)皇普謐對“神農(nóng)炎帝”的身世揭秘可知，神農(nóng)炎帝的氏族圖騰有二，即神農(nóng)的“有神龍首”與炎帝的“人身牛首”，前者以龍為圖騰，后者以牛為圖騰。那么，同一個人（或部落）身上為何有兩個大不相同的圖騰？顯然不可能，唯一合理的解釋是神農(nóng)與炎帝是兩個人。
問題在于，如果神農(nóng)與炎帝是兩個人，那么他們會是什么關(guān)系呢？
皇普謐提到的三個圖騰，除了龍與牛之外，還有一個是“蟜”，即“有蟜氏”崇尚“蟜”。所謂“蟜”，其實就是“蟲”。古文中蟲通蛇、也通龍，因此崇尚“蟲”的“有蟜氏”，與崇尚“龍”的神農(nóng)，其實可以說是崇尚同一樣?xùn)|西，出自同一個部落。
上古時的婚姻，母系氏族圖騰隨母，父系氏族圖騰隨父。從“蟜”與“龍”的圖騰上看，神農(nóng)隨母，還處于母系氏族社會?！肚f子·盜跖篇》記載：“神農(nóng)之世，民知其母，不知其父。”這就進(jìn)一步證明了神農(nóng)處于母系氏族社會。
其實，“龍”在中國文化中，還代表（女性孕育）眾多子孫之意，母系氏族以此為圖騰，符合龍的寓意，上世紀(jì)以來不少學(xué)者認(rèn)為神農(nóng)是女性，其實是有道理的。與之相反的是，“人身牛首”的“?！眻D騰崇拜，駕馭耕牛進(jìn)行鋤耕，充滿了陽剛之氣，更可以收獲更多的糧食，父系社會帶來更多的糧食，經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)決定上層建筑，因此只能說明當(dāng)時進(jìn)入了父系氏族社會。
也就是說，神農(nóng)炎帝的二個圖騰，其實代表著母系氏族與父系氏族兩個階段。
上個世紀(jì)以來，考古發(fā)現(xiàn)在一定程度上也證明了這個結(jié)論。
傳說中的神農(nóng)與炎帝，他們最早的活動區(qū)域是在陜西渭河流域，而在這個區(qū)域內(nèi)，考古發(fā)現(xiàn)了兩種上古文化，即代表母系氏族社會的陜西仰韶文化與代表父系氏族社會的陜西龍山文化。
陜西仰韶文化遺址中，出土了很多原始農(nóng)具，比如石刀、石鏟、石斧等，沒有大型農(nóng)耕用具，整體還處于刀耕火種的時代，這些工作總體上不需要太多的力氣。
陜西龍山文化遺址中，出土了不少更為先進(jìn)的或更大型的耕種用具，比如出現(xiàn)了陜西仰韶時代沒有的石鋤、骨鋤，開荒使用的大型磨光石斧、石奔，以及大型窖穴與大型陶甕等。總之，從陜西龍山文化遺址出土的文物來看，當(dāng)時已經(jīng)進(jìn)入了更需要力氣的鋤耕時代。
學(xué)者張玉勤在《神龍、炎帝、黃帝關(guān)系辨》中指出：神農(nóng)代表的是陜西仰韶文化，炎帝代表的是陜西龍山文化，兩人處于母系與父系的不同歷史時期，漢代之后人們將兩人錯誤地混為一談了。
通過上文分析可見，所謂“神農(nóng)氏世衰”，反映的應(yīng)該是母系氏族社會的衰落，父系氏族社會的興起。在母系父系社會交替過程中，黃帝、蚩尤、炎帝為代表的父系部落極為強(qiáng)勢，為爭奪適宜的農(nóng)耕用地而爆發(fā)了一系列沖突。
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