5月28日，《中國疾病預防控制中心周報（China CDC Weekly）》在線報告了內陸首例輸入性新型冠狀病毒關注變體（VOC）奧密克戎變異株BA.5(Omicron subvariant BA.5)的測序結果。該變異株采用華大智造DNBSEQ平臺MGISEQ-200RS進行測序，基因分型顯示與南非上傳的一個序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相關。目前BA.5變異株已傳播至全球19個國家（共2,614個序列提交給GISAID），暫無詳細數(shù)據(jù)報道其對公共衛(wèi)生的影響，需要持續(xù)監(jiān)測和評估以進一步闡明其特點和影響。
2022年4月27日，從荷蘭阿姆斯特丹起飛的KL857國際航班抵達上海市浦東國際機場，在常規(guī)隔離過程中一名乘客被報告為新冠核酸檢測陽性并被診斷為輕癥病例，并于5月13日使用華大智造MGISEQ-200RS進行測序?；蚍中头治鲲@示患者感染了新型冠狀病毒關注變體奧密克戎變異株BA.5(VOC/Omicron BA.5)，與南非上傳的一個序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相關（圖1），有34個非同義突變發(fā)生在與BA.5的特征匹配的刺突基因中。
圖1 SARS-CoV-2多個譜系的系統(tǒng)發(fā)育樹。導入的VOC/Omicron (BA.5)用箭頭突出顯示。右側顯示了其他不同顏色的Omicron亞系
Omicron BA.5更加嚴重？
證據(jù)不足仍需持續(xù)監(jiān)測！
目前Omicron VOC是全球流行的主要新冠變體，在Omicron譜系中BA.2及其后代譜系（名為BA.2.X的合并譜系）是主要變體（圖2）。Omicron BA.5的序列于2022年3月15日首次上傳到GISAID，樣本來自2月25日在南非收集的患者鼻咽和口咽拭子。根據(jù)世衛(wèi)組織新冠每周流行病學進展報告（2022年5月25日），BA.2.X、BA.4和BA.5的相對比例分別為94%、0.8%和1%。BA.4、BA.5和BA.2.12.1都在刺突區(qū)域和基因座S：L452具有特征性突變，在首次檢測到它們的國家中的流行率有所增加。BA.4與BA.5最近幾周在南非的流行率有所上升，并已在3個月內傳播到包括葡萄牙、美國在內的另外19個國家（地區(qū)）。根據(jù)目前可用的數(shù)據(jù)，BA.4、BA.5和BA.2.12.1在曾發(fā)生BA.1流行的國家傳播得更快；而在BA.2流行的國家發(fā)生病例較少，每個國家的疫苗接種程度也可能影響這些新興的Omicron后代譜系。鑒于缺乏闡明表型差異的變化（例如嚴重程度）的證據(jù)，包括BA.5在內的所有Omicron后代譜系需要繼續(xù)在Omicron VOC的體系下進行追蹤。
圖2 截至2022年5月23日，按姐妹譜系劃分的Omicron序列數(shù)量*
*Omicron 姐妹譜系包括 Omicron 譜系 BA.1 和名為 BA.1.X、BA.2 的合并后裔譜系以及名為 BA.2.X、BA.3、BA.4 和 BA.5 的所有合并后裔譜系。資料來源：來自 GISAID 的 SARS-CoV-2 序列數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)，于 2022 年 5 月 23 日歐洲中部時間 10 點從 GISAID 中提取。
基于DNBSEQ技術的靶向測序，
新冠VOC監(jiān)測組合拳
實時關注新冠病毒VOC序列變化情況，并與流調數(shù)據(jù)結合評估毒力或臨床表現(xiàn)的改變，能夠為公共衛(wèi)生及社會防疫措施，或疫苗、臨床治療有效性提供指導。華大智造基于DNBSEQ技術的靶向測序平臺，滿足現(xiàn)有所有新冠VOC和VOI毒株的檢測需求，最快能在11個小時完成從樣本到數(shù)據(jù)分析（全基因組比對、變異信息、毒株分型分析）的全流程。
圖3 基于DNBSEQ的新冠病毒靶向測序一站式平臺
華大智造ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建庫測序試盒，采用雙保險引物降低由于突變導致的擴增失敗的風險，同時超短擴增子設計（180bp），提高了在臨床樣本、環(huán)境樣本（核酸降解風險高）的檢出能力，可以從10拷貝病毒中獲取全基因組數(shù)據(jù)，最大可能還原完整基因組序列。
圖4 ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建庫測序試盒引物特點
新冠病毒靶向擴增后進行測序文庫構建，通過華大智造MGISEQ-200RS或DNBSEQ-E5RS測序儀完成測序。其中DNBSEQ-E5RS使用快速測序耗材，進行SE100測序，可在3.5小時內完成從DNB加載至FASTQ文件輸出的全流程，并維持與常規(guī)測序耗材相當?shù)臄?shù)據(jù)產(chǎn)出及數(shù)據(jù)質量。
華大智造基于DNBSEQ技術的新冠病毒靶向測序產(chǎn)品組合，已連續(xù)部署至超過10個新冠疫情熱點地區(qū)，完成多種新冠VOC（Omicron BA.1、BA.2、BA.5，Delta）測序，測序結果表現(xiàn)優(yōu)異，高效完成新冠溯源工作。
世衛(wèi)組織與國家當局、機構和研究人員合作，定期評估 SARS CoV-2 變體是否會改變傳播或疾病特征，或影響用于控制的疫苗、治療、診斷或公共衛(wèi)生和社會措施 (PHSM)的有效性疾病傳播。根據(jù)對全球公共衛(wèi)生構成的風險，定期評估潛在的關注變體(VOC)、感興趣的變體 (VOI)或監(jiān)測中的變體(VUM)。
注：文中涉及產(chǎn)品僅用于科研使用，不得用于臨床診斷。
Hui Jiang, Changcheng Wu, Wenbo Xu, Hongyou Chen, Fanghao Fang, Min Chen, Chaonan Wang, Lingyue Yuan, Huanyu Wu, Zheng Teng, Jinyuan Guo, Yaxu Zheng, Xihong Lyu, Xuefei Qiao, Guizhen Wu, Wenjie Tan, Xi Zhang. First Imported Case of SARS-CoV-2 Omicron Subvariant BA.5 — Shanghai Municipality, China, May 13, 2022[J]. China CDC Weekly. doi: 10.46234/ccdcw2022.104
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