俗話說(shuō)，好記性不如爛筆頭，小編痛定思痛，決定先整理一份miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的保姆級(jí)教程分享給大家，說(shuō)不定哪天就用上了呢。好，上正餐！
這是小編記住的第一個(gè)預(yù)測(cè)哺乳動(dòng)物miRNA靶基因的數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)利用3P-seq測(cè)序技術(shù)，確定轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)的3’UTR區(qū)。我們常用的是TargetScanHuman子庫(kù)，進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)主界面之后，我們可以根據(jù)已知基因(輸入基因symbol或Ensembl ID或轉(zhuǎn)錄本ID)預(yù)測(cè)靶向它的miRNA，也可以根據(jù)miRNA預(yù)測(cè)其靶基因。圖1.1. TargetScanHuman主頁(yè)面以基因PARP1為例，在圖1.2的搜索結(jié)果中，我們能看到它有3個(gè)轉(zhuǎn)錄本，最下面是這三個(gè)轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)示意圖，沒(méi)啥意外的話直接選第一個(gè)最具代表性的就ok了。點(diǎn)擊之后可以查看上面的miRNA結(jié)合位點(diǎn)，如圖1.3所示，黑色框表示該miRNA和目的基因有多個(gè)結(jié)合位點(diǎn)，查詢頁(yè)面有一個(gè)可下載的保守位點(diǎn)的列表，給出了最有可能的miRNA與PARP1結(jié)合位點(diǎn)的序列信息。接下來(lái)，小編又輸入miR-9-5p檢索了它的靶基因(圖1.4)，共得到1388個(gè)包含保守位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄本，表格列出了它們對(duì)應(yīng)的基因symbol和名稱，靶基因按照背景得分由小到大進(jìn)行排序，分值越小可能性越大。此外，表格還列出了靶基因上結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)量以及結(jié)合方式，最后一列是相關(guān)的文獻(xiàn)。其中，表格的第一、二列和Link to sites in UTRs列可以點(diǎn)擊查看詳細(xì)信息。 圖1.4 miR-9-5p的預(yù)測(cè)結(jié)果2.miRBase: http://www.mirbase.org/index.shtmlmiRBase是最權(quán)威的miRNA公共數(shù)據(jù)庫(kù)之一，儲(chǔ)存了所有miRNA的序列和注釋信息，這些數(shù)據(jù)都可以在Download頁(yè)面進(jìn)行下載，并且還可以預(yù)測(cè)靶基因。我們可以通過(guò)miRNA的名字、miRBase ID或其他關(guān)鍵字來(lái)檢索miRNA，也可以根據(jù)基因組位置、物種組織或已知序列進(jìn)行查詢。小編以has-miR-100為例，如圖2.2所示，我們可以查看它對(duì)應(yīng)的基因、序列、莖環(huán)結(jié)構(gòu)、在基因組中的位置等信息。還可以看到這個(gè)miRNA前體產(chǎn)生的的兩條成熟的miRNA序列has-miR-100-5p和has-miR-100-3p，以及TargetMiner、miRDB等不同數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)的靶標(biāo)。萬(wàn)能的b站有一個(gè)相關(guān)視頻，鏈接在此https://www.bilibili.com/video/BV16x411e7NG?p=2，up主將所有檢索方式都演示了一遍，并對(duì)結(jié)果進(jìn)行了解讀，想了解更多的朋友可以看一下哈，也就十多分鐘。 3. ENCORI: http://starbase.sysu.edu.cn/這是starBase的3.0版，小編搜的時(shí)候差點(diǎn)就錯(cuò)過(guò)它了，咋就還改名字了呢？這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的miRNA-ncRNA, miRNA-mRNA, ncRNA-RNA, RNA-RNA, RBP-ncRNA和RBP-mRNA 的互作都是基于CLIP-seq和降解組測(cè)序(針對(duì)植物)數(shù)據(jù)挖掘的。利用32種癌癥的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，我們還可以對(duì)RNA-RNA和RBP-RNA互作進(jìn)行泛癌分析。此外，starBase v3.0還允許平臺(tái)對(duì)miRNA、lncRNA、mRNA、假基因等進(jìn)行生存和差異表達(dá)分析，功能非常強(qiáng)大(你可以不用，但我必須得提供，哈哈)。主頁(yè)面也是做的簡(jiǎn)潔明了，可以說(shuō)是很友好了。咱們主要還是看一下miRNA-mRNA間的互作關(guān)系，以has-miR-22-3p為例，最左邊是查詢選項(xiàng)，包括參考基因組、物種(人或小鼠)以及其他支持?jǐn)?shù)據(jù)。 圖3.2 miRNA-mRNA查詢界面 點(diǎn)擊基因name之后(圖3.3)，可以查看靶基因的詳細(xì)信息，如轉(zhuǎn)錄本ID、結(jié)合區(qū)域。在圖3.2的結(jié)果列表中，還包含了PITA、miRanDa、TargetScan等七個(gè)軟件的預(yù)測(cè)結(jié)果，以及相應(yīng)的支持?jǐn)?shù)據(jù)。 圖3.3 最后一列是互作對(duì)在32種癌型中的泛癌分析結(jié)果，包括它們?cè)诿糠N癌癥中的相關(guān)系數(shù)、顯著性p值等信息，還可以將表達(dá)數(shù)據(jù)以散點(diǎn)圖或箱式圖的形式進(jìn)行可視化，這一塊做的還是有些簡(jiǎn)單隨意的。Besides，小編發(fā)現(xiàn)starBase還根據(jù)miRNA-target的互作，提供了miRNA的富集分析，包括GO、KEGG、Reactome等，真的是相當(dāng)全面了。4. miRCancer: http://mircancer.ecu.edu/index.jsp搞生物信息，肯定是繞不開癌癥的，所以小編還要給大家簡(jiǎn)單介紹一下這個(gè)腫瘤相關(guān)的miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)。miRCancer針對(duì)每種腫瘤，列出了相關(guān)的miRNA及其表達(dá)趨勢(shì)，并給出了對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)，使用起來(lái)也是很簡(jiǎn)單的，沒(méi)有什么難度。點(diǎn)擊Search miRCancer之后，我們可以輸入自己感興趣的miRNA 或癌癥名稱進(jìn)行檢索。這些數(shù)據(jù)都是開源的，可以點(diǎn)擊Download下載txt格式，目前最新版本是2020年6月份的。然而，有這么一個(gè)新的數(shù)據(jù)庫(kù)覺(jué)得現(xiàn)有的miRNA工具還不夠全面，并自稱是第一個(gè)集miRNA–gene關(guān)聯(lián)的注釋信息、表達(dá)譜數(shù)據(jù)、預(yù)后圖譜以及多種癌癥和正常組織中的潛在作用機(jī)制于一身的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)，這好像是算法、數(shù)據(jù)庫(kù)類型的文章慣用的寫作套路吧。好了，不賣關(guān)子了(畢竟，能看到這里的都是真愛(ài)呀)，它就是miRactDB(https://ccsm.uth.edu/miRactDB)。小編越看越覺(jué)得，這文章一發(fā)完，后期維護(hù)就全看心情了，不造能堅(jiān)持多久！
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